1、概念不同
一类经济适用住房，也就是我们常说的经济适用房，是指已经列入国家计划，由城市政府组织房地产开发企业或者集资建房单位建造，以微利价向城镇中低收入家庭出售的住房。它是具有社会保障性质的商品住宅，具有经济性和适用性的特点。
二类经济适用房，一般是指回迁性质或康居、安居性质的房屋，在房产证上房屋性质处会标示“按照经济适用住房管理”。
2、上市条件不同
一类经济适用房需满5年才可以上市。对于不满5年的经济适用房（契税票填发日期或房产证登记日期不满5年），不允许上市交易。
二类经济适用房不受是否满5年限制，只要不存在查封等产权问题，有房产证，就可以按市场价出售。
3、两者交税不同
买二手房缴税的时候，计税依据（也就是常说的税基）通常有两个，一个是税务机关的核定价，实行一房一价，数额需要在缴税时才能确认；一个是网签价，即买卖双方在网签时定的价钱。二手房缴税时，核定价和网签价，哪个高取哪个为税基。
一类经适房：契税、个税、增值税及附加、综合地价款；二类经适房：契税、个税、增值税及附加、土地出让金。
参考资料来源：百度百科——经济适用房
