国税代开的发票会占用免税额，根据《国家税务总局关于小微企业免征增值税和营业税有关问题的公告》第三条规定 小规模纳税人因代开增值税专用发票已经缴纳的税款，在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还。如果不能追回已开发票，不能享受免税优惠。
《国家税务总局关于印发〈税务机关代开增值税专用发票管理办法（试行）〉的通知》（国税发〔2004〕153号）第二条规定，本办法所称代开专用发票是指主管税务机关为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票，其他单位和个人不得代开。
第五条规定，本办法所称增值税纳税人是指已办理税务登记的小规模纳税人（包括个体经营者）以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人。
因此，只有已办理税务登记的小规模纳税人才能代开专票，个人销售货物、提供劳务或者提供应税服务，只能代开增值税普通发票，而不能代开增值税专用发票。一般纳税人提供超出营业范围的应税服务或者劳务，应当自行开具增值税专用发票。
还有，《国家税务总局关于小微企业免征增值税和营业税有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第57号）第三条规定，增值税小规模纳税人月销售额不超过3万元（按季纳税9万元）的，当期因代开增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票）已经缴纳的税款，在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还。
因此，月销售额不足三万元免税的小规模纳税人因代开增值税专用发票（含货物运输业增值税专用发票）已经缴纳的税款，在专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，可以向主管税务机关申请退还。如果不能追回已开发票，不能享受免税优惠。
