1946年的一天，斯大林打电话给他，说考虑任命他为海军参谋长。伊萨科夫回答：“斯大林同志，我得向您报告，我有严重缺陷，有一条腿在战争中受重伤被截掉。”“这是您认为必须报告的唯一缺陷吗？”“对。” “我们原先那位参谋长连头脑都没有，还照样工作。您不过就缺条腿，没什么了不起。”斯大林这样说。就这样他成了海军总司令部参谋长。1947—1950年任海军副总司令。1950年3月—1956年2月退役，任苏联海运部副部长。1955年3月3日被授予苏联海军元帅的军衔。1956年2月—1958年4月，再度到苏联国防部总部机关担任领导职务。1958年4月起任国防部总监组总监。伊萨科夫为提高海军战斗威力、发展战役战术学、研究总结卫国战争的经验，贡献了力量。写有许多学术著作。由于他对海军建设功勋卓著，一艘大型反潜舰以他的名字命名。曾当选为苏联第一届最高苏维埃代表。1951年获得苏联国家奖金。荣获列宁勋章6枚，红旗勋章3枚，一级乌沙科夫勋章2枚，一级卫国战争勋章和红星勋章各1枚，奖章及外国勋章多枚。
