根据《中华人民共和国企业所得税法》第八条规定：“企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。”
因此，在经济交易行为中支付的违约金、赔偿金允许在税前扣除。
由于该商业合同赔款、违约金是由销售方支付购货方，不属于缴纳增值税或营业税的范围，因此，不需要开具发票，但是入账并税前扣除应具备必要的证据以证明该经济行为的真实性。
根据《企业资产损失税前扣除管理办法》（国税发[2009]88号）第五条规定：……上述以外的资产损失，属于需经税务机关审批后才能扣除的资产损失。企业发生的资产损失，凡无法准确辨别是否属于自行计算扣除的资产损失，可向税务机关提出审批申请。
也就是说，企业应该向税务局申请扣除，税务局同意后才不需要做纳税调整。
