1、生长习性不同
花椒：适宜温暖湿润及土层深厚肥沃壤土、沙壤土，萌蘖性强，耐寒，耐旱，喜阳光，抗病能力强，隐芽寿命长，故耐强修剪。不耐涝，短期积水可致死亡。
胡椒：生长于荫蔽的树林中。生长慢，耐热、耐寒、耐旱、耐风、耐剪、易移植。不耐水涝。栽培土质以肥沃的砂质壤土为佳，排水、光照需良好。
2、产地分布不同
花椒：分布于北起东北南部，南至五岭北坡，东南至江苏、浙江沿海地带，西南至西藏东南部；台湾、海南及广东不产。见于平原至海拔较高的山地，在青海，见于海拔2500米的坡地，也有栽种。
胡椒：中国台湾、福建、广东、广西及云南等省区均有栽培。原产东南亚，现广植于热带地区。
3、功效不同
花椒：抑菌作用，本品挥发油11种皮肤癣菌和4种深部真菌均有一定的抑制和杀灭作用，其中羊毛样小孢子菌和红色毛癣菌最敏感，MIC低于0.1HL/ml，MFC为0.1HL/ml。实验证实月桂氮卓酮和二甲基亚砜能促进挥发油进入真菌细胞内加速细胞死亡。
镇痛作用，花椒水提物5-10g/kg和醚提物3.0-6.0ml/kg对乙酸引起的小鼠扭体反应有明显的抑制作用，水提物P均<0.05，醚提物3.0ml/kg（P<0.05），醚提物6.0ml/kg（P<0.01），其中醚提物的作用较水提物强，且呈剂量依赖性。
胡椒：胡椒性温热，对胃寒所致的胃腹冷痛、肠鸣腹泻有很好的缓解作用，并治疗风寒感冒；白胡椒的药用价值较大，可散寒、健胃等，可以增进食欲、助消化，促发汗；还可以改善女性白带异常及癫痫症。
参考资料来源：百度百科-胡椒
参考资料来源：百度百科-花椒
