传说有个南京人杀鸭子的时候用一个小碗装起来它的血舍不得丢掉，不料粉丝掉进去弄脏了。无奈，他只好把粉丝和鸭血一起煮，却不料，居然烧出了第一碗鸭血粉丝汤，只闻汤汁芳香四溢，引来无数路人竞相猜测这美味的汤是如何烹饪的。某财主听闻此事，封此人为职业厨师，专门给财主和他的姨太太们烹饪鸭血粉丝汤，后人遂得此佳肴。
2005年04月26日，原中国国民党主席连战率领的访问团抵达南京后，区夫子庙品尝秦淮小吃。菜单中就包括：蟹粉小笼包、芦蒿炒咸肉丝、鸭血粉丝汤、五香豆、炸臭豆腐干、七家湾牛肉锅贴、鲜肉小馄饨等。[10]
