一群科学家以复制的方式，制造出人工的神奇宝贝“超梦”。
但是当超梦得知自己是被制造出来的生物时，气得把研究所的小岛整个烧毁 。火箭队的老大闻风赶来，给了超梦制造铠甲，控制超梦的力量，并煽动超梦跟他联手征服世界。
然而超梦并不愿意配合。因为他憎恨人类把它制造出来，使得他无法成为真正的神奇宝贝。
于是，超梦展开了对人类的反击…… 南海小岛上有个传说，火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时，就是世界毁灭的日子。
疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神洛奇亚，捕捉了亚西亚岛的火焰鸟，导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时正好小智一行人来到亚西亚岛，并在当地庆典活动中被推举扮演传说中的控制者。控制者必须到神鸟的三座岛屿中取得三种宝藏，在取宝藏的过程中，小智目赌神鸟被吉尔露太抓走。
疯狂收藏家吉尔露太为了个人私欲不顾世界的存亡固然令人气愤，可是当神鸟被小智释放后，竟不顾一切的展开疯狂攻击。眼看着世界末日的预言真的要实现…。 旅途中，巧遇神奇宝贝训练家小凌的小智一行人，为了让疲累的神奇宝贝们休息，于是前往最近的神奇宝贝中心。该中心所在城市名为‘绿色草原’听起来应该是个使人心境祥和的地方，没想到来到这绿色原镇时，面对突如其来的景象感到震撼，因为原本美丽的绿色草原镇，瞬间竟然变成了冰冷的结晶城……。
原来独自孤独生活的少女小美，在某夜，因为江下落不明的父亲秀力所留下的未知图腾卡排列后，没想到却因此开启了可怕的“结晶世界”！
而传说中的神奇宝贝“炎帝”竟然将小智的妈妈带往结晶塔里去了！小智一行人是否能够将妈妈平安地救回来呢？ 在森林的入口，雪成”与少女“永久”邂逅了。接受了永久说的“如果你听到了森林的声音，就不能乱走动”的忠告后，雪成走进了森林。
雪成在森林里为了守护被猎人追捕的“雪拉比”，被“穿梭时空的力量”卷入，带到了40年后的未来。在40年后的世界，雪成认识小智他们。但是在这世界里，火箭队史上最强的男人“比夏斯”正打算捕猎雪拉比。
比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏比捕捉的雪拉比，小智与雪成拚命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化……
激烈的对战中，传说中的神奇宝贝“水君”出现了！小智他们能否拯救雪拉比和森林呢！？ 世界上最美丽的城市-水之都，小智一行人在那里遇见了拥有不可思议的力量的神奇宝贝，它们在这个城市里守护著传说中的宝物--【心之水滴】。
有两个世界级的怪盗，看中了心之水滴，并且以这为目标来下手，随著心之水滴所隐藏的封印即将被解除、城市将被大洪水吞没了！小智和皮卡丘有办法平安的渡过危机吗？ 千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……
立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？ 从外太空飞来的陨石坠落在大冰原上。为了调查住在冰原的神奇宝贝而来的科学家伦多博士，他的儿子小超却意外被卷入坠落时产生的暴风。在一片的水蒸气中隐约现身的是神秘的神奇宝贝代欧奇希斯。就在这时候出现了宇宙神奇宝贝烈空坐，和代欧奇希斯展开激烈的战斗。而伦多博士和小超也被卷入他们的激斗中。
在那之后经过了四年。有一天小智和皮卡丘们来到了高科技城市拉鲁斯市。想在这里的对战塔和其他的神奇宝贝进行战斗。小智巧遇一名少年而他就是小超。小超因为四年前的事，让他完全无法和神奇宝贝相处。小智和皮卡丘在知道这样的情形后积极帮小智克服这问题。这时候突然出现了神秘神奇宝贝代欧奇希斯。他的目的到底是什么。
以高科技城市为舞台，即将展开神奇宝贝史上最大的冒险！ 持续旅行的小智皮卡丘一行，来到了流传着「波导传说」的城镇：欧鲁德朗城。在城市的中心，举行着对数百年前的“波导之勇者——亚郎”而举行的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为当年“波导之勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之宠物小精灵“梦幻”出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了身影。与此同时，“迷之宠物小精灵”「鲁卡利欧」数百年前的封印被解开，在小智面前显现了身影的！皮卡丘在哪？梦幻的目的是什么？还有，隐藏在鲁卡利欧身上的过去和波导传说的秘密是什么？
带着所有谜团，小智与鲁卡利欧一起朝向世界初始之树开始了冒险。 持续旅行的小智与皮卡丘一行人，遇到以表演水中神奇宝贝秀而闻名的小码头马戏团的“广美”。从可与水系神奇宝贝心灵相通的“水之民”的后裔广美口中，小智得知在水之民所建造的海之神殿亚克夏里面，藏有被称为“海之王冠”的秘宝。但是，据说人类的眼睛没有办法看到神殿。
就在此时，海盗“幽灵”来袭想要抢走广美所持有的蛋。在激烈的争夺之中，蛋突然发出强烈的光芒，被称为玛纳霏的梦幻神奇宝贝，就这样在小遥的手中诞生了。而这只玛纳霏正是能解开神殿秘密的关键。
神奇宝贝保育家“阿杰”的任务是护送玛纳霏平安返回神殿。小智他们与阿杰一同航行跟在玛纳霏后面。途中，玛纳霏为了找回小遥被风吹落海里的头巾，而消失在海中。小智他们为了寻找玛纳霏也来到了神殿，此时出现在他们面前的居然是幽灵！他的目的是神殿内水之民的秘宝。可是当幽灵拿走秘宝的瞬间，天花板突然大量进水，亚克夏开始冒泡沉没。到底，秘宝有没有办法再抢回来呢？小智与小遥和玛纳霏的命运将会如何？苍海的王子玛纳霏，现在将引发奇迹… 为了参加下一个小精灵竞技赛，小智一行来到了阿拉莫斯镇，在那里遇见了一位名叫艾丽丝的可爱少女。艾丽丝带他们参观了小镇的标志建筑——时空之塔和水树相映成趣的美丽庭园。抱着观光的心情而去的小智一行却偶然遭遇庭园被不明生物袭击的事件。这个小镇有权有势的艾伯特男爵也出现在那里，他一口咬定这是传说中的小精灵——达库莱伊所为。不久，达库莱伊突然从可怕的幻影中现身于小智等人的面前。
未知的小精灵，达库莱伊，它到底从何而来？正当那时，迪亚路加和帕鲁奇亚在时空夹缝中的战斗蔓延开来。
强大的力量相互冲撞，将空间撕裂。并且，从裂口正好能看见阿拉莫斯镇的所在位置。在和迪亚路加的战斗负伤的帕鲁奇亚逃到了这个小镇。但是，感觉到帕鲁奇亚存在的达库莱依立刻对它展开了攻击。这时，追赶帕鲁奇亚而来的迪亚路加也出现在阿拉莫斯镇。被称为神的两只小精灵与达克莱依相遇之时，震撼时空的史上最强战斗开始了。
即时强烈的冲击让阿拉莫斯镇岌岌可危，不久便面临崩溃的危机。“古狄的日记”中记载的预言即将成为现实。
小智等人能否解除这个危机呢！？结果达库莱伊是敌人还是盟友呢？！「奥拉希翁」究竟是什么呢？！ [反转世界]...是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是冥王龙栖居的特殊空间。然而迪亚鲁加和帕鲁其亚的战斗造成了时空的扭曲，反转世界也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的冥龙找到了迪亚鲁加，并想将其拖入反转世界中。
另一方面，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有[花媚]之称的感谢神奇宝贝雪米。被卷入迪亚鲁加和基拉提那的战斗的雪米在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的Shaymin前往神奇宝贝中心。
雪米用心电感应将小智一行带到了它的格拉西玳亚(グラシデア)花园，并告诉他们在这[格拉西玳亚之花]中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉雪米的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了[次元旋涡]，将火箭队、雪米连同小智一行人一起全部带往了反转世界。
从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。
就在这时，基拉提那突然出现，向雪米发动攻击。小智等人正要与基拉提那对抗，却传来制止之声。说话者是名叫无限的学者，他告诉小智等人不可以让基拉提那生气。
正在小智一行在无限的帮助下向现实世界回返之时，企图利用基拉提那的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰[百万力霸]的谜之青年，ZERO出现了。和雪米一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过ZERO的追踪。
...前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”! 王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。在途中，他们遇到了一只能够化身其他神奇宝贝或人类、名为“索罗亚”的不可思议的神奇宝贝。
索罗亚还会心电感应，为了帮助同伴，它告诉小智它也要前往王冠市。小智们决定要栛助索罗亚，一起结伴同行。
另一方面，幻之神奇宝贝雪拉比在相隔20年再度现身王冠市的同时，王冠市却发生了一起奇妙的事件。原本应该是这座城市的守护神－传说的神奇宝贝雷公、炎帝、水君竟在街道上大搞破坏。
原来这个事件的背后，隠藏着大企业的社长克林克斯·寇泰的邪恶计画。从前，曾经利用雪拉比的神秘力量获得财富与权力的寇泰，为了再度取得这个力量，他故意制造王冠市的混乱，好让雪拉比掉入他的圈套。
而变身为传说的神奇宝贝引起暴动的，是能够操控幻影的神奇宝贝“索罗亚克”。
然而，索罗亚克竟然是索罗亚正打算前往栛助的同伴！而利用索罗亚克变出的幻影，寇泰则不停地追逐著雪拉比。再这样下去，雪拉比和王冠市真的很危险！小智们将为此展开行动… 在合众地方旅行的小智、艾莉丝、天桐一行人，来到了被称为“大地之剑”的塔为中心发展的城市：艾茵多奥克。这里是由曾经繁荣一时的大地之民所建立的国度，但现在已经落殁。 小智等人为了参加收获祭对战大会来到艾茵多奥克，他们在这里遇到了能给予人或神奇宝贝不可思议力量的梦幻神奇宝贝——比克提尼。大地之民的后裔——德雷多企图利用比克提尼的魔力让早已绝迹的古王国重现人间，艾茵多奥克因此陷入前所未有的混乱。
究竟小智一行人能不能拯救陷入危机的城市呢？比克提尼的命运将会如何？伴随著捷克罗姆、雷希拉姆的谜团，神奇宝贝史上最大的冒险，带给你无限的感动！ 小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火车前往洛祥的旅途中，在行经山区时发现一只从未见过的神奇宝贝，但它却受了伤一动也不动。
其实它正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇宝贝‧凯路迪欧。
就在此时，最强的龙系神奇宝贝酋雷姆突然来袭！面对能变换成焰白酋雷姆与闇黑酋雷姆两种型态，并拥有压倒性力量的酋雷姆，小智一行人千钧一发逃过酋雷姆的追击。
凯路迪欧无视三位圣剑士的忠告，执意要向酋雷姆挑战。然而见识到酋雷姆的强大力量之後，凯路迪欧在无比恐惧之下逃走了！
三位圣剑士为了要救凯路迪欧，不小心被酋雷姆的攻击冰冻了起来。
为了救出同伴再度振作起来的凯路迪欧，以及在一旁鼓励的小智一行人。他们能否平安度过这次的危机呢？为了拯救同伴，真实的力量、诚挚的勇气以及小智一行人的友情，将唤起凯路迪欧未知的力量！ 故事以大都市纽特市为舞台，在那里正在兴建为保护神奇宝贝而设立的设施神奇宝贝山庄，即将在近期完工。但是因失去了过去的故乡，而将所见的一切都视作敌人攻击的盖诺赛克特也出现在这里！只见他朝著在现场的小智和皮卡丘发射破坏技术，千钧一发之际，出现在小智等人面前保护他们的，竟然是传说中的神奇宝贝‧超梦！
超梦认为盖诺赛克特和他一样，都是原本不应该出现在这世上的神奇宝贝，于是决定扛下盖诺赛克特的悲伤和愤怒，和他展开激烈的对峙… 深藏于地底的净土“钻石矿国”，传说住著一群岩石系、妖精系的小碎钻。
“钻石矿国”多年来持续依赖著“神圣钻石”发出的能量支撑整个国度，不过只有这个国家的公主能够创造出这些钻石，但现任公主的蒂安希却还无法驾驭这项能力。
如今“神圣钻石”的生命之力逐渐流失，若无人设法拯救这一切，钻石矿国将面临末日！就在此刻，蒂安希遇见了小智一行人，为挽回钻石的光芒，他们一同展开寻找“生命神奇宝贝”哲尔尼亚斯的冒险之旅。 然而在前方等待著他们的是沉睡于茧中、曾经在卡洛斯地方造成毁灭性破坏的“破坏神奇宝贝”伊裴尔塔尔……
在旅途中，女盗贼玛丽伶和忍者盗贼莱尔特，以及火箭队三人组为了夺取蒂安希的能力，袭击了他们。
借助弥莉丝·阿尔盖斯亲子的力量，一行人解除了危机并继续他们的旅途，结果他们发现了曾经消灭了卡洛斯地方所有生命的 “破坏神奇宝贝”伊裴尔塔尔沉眠的茧，被它挡住了去路……
在这紧迫的危机中，蒂安希能否拯救自己的国度呢？而且，小智和皮卡丘的命运会怎样!? 100年前，沙漠都市迪塞尔市因为口袋妖怪之间的战斗而遭受严重破坏。战斗起因是那只口袋妖怪。但是，这只口袋妖怪后来被某人封印了，城市重回和平并且今天仍然健在。
在小智与皮卡丘一行人的旅途中，他们遇到了持有可以召唤万事万物的光轮的幻之口袋妖怪胡帕，以及照顾他的少女玛丽。
幻之口袋妖怪胡帕开始用他的光轮传唤出各种各样的东西，包括他最喜欢的食物甜甜圈，这让大家都很惊讶和高兴。喜欢恶作剧的天真单纯的胡帕称呼小智和皮卡丘为傻多和皮卡。大家很快成为伙伴并一同旅行~
一到迪塞尔市，众人就遇到了玛丽的哥哥巴尔扎，但是巴尔扎的样子却很奇怪。走近一看，发现他手中握有封印了曾经破坏城市的某只口袋妖怪的道具监狱之瓶！
一股邪恶的气息从瓶中溢出。经过漫长的时间，封印好像已经被解开了。就在那时，传说中的口袋妖怪从邪气中飞出！原始固拉多，原始盖欧卡，迪奥鲁加，帕鲁基亚，基拉帝纳以及丘雷姆！这样下去城市就危险了！
胡帕为了守护城市，从光轮中召唤出新的传说中的口袋妖怪来！小智同胡帕召唤的口袋妖怪能一同守护住迪塞尔市吗？邪恶力量的正体又是？
传说VS传说！
口袋妖怪史上最壮绝的战斗开始了！
