1998年.超梦的逆袭
立志成为第一流的神奇宝贝大师，小智他们依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写着：『你们是最被看好、最有前途的神奇宝贝训练家，我以最强的神奇宝贝训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。』「最强的神奇宝贝训练家？」好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。港口管理员波佳为了不让神奇宝贝和他们遭到任何的意外，坚决不让众人出航，女警君莎也赞同波佳的看法。
「没问题！我们有神奇宝贝！」出声的是一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇宝贝渡海，而另外两位训练家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇宝贝渡海。正当小智烦恼无法前往新岛之际，港口出现了一艘小船，船上维京人打扮的船家答应在小智他们渡海。正当众人在海中央之时，突然一个大浪打来，让操纵小船的船家露出了真面目。什么？竟然是火箭队那三个捣蛋鬼！！正当火箭队要说出那套可爱又迷人的台词之时，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞赶紧叫出杰尼龟和宝石海星让众人紧捉，才不至于被大浪卷走。至于火箭队嘛……就和从前一样，「好讨厌的感觉啊～」
在到达新岛之后，一名长的很像神奇宝贝中心护士乔伊的女子带领小智一行人前往神奇宝贝城。海男、空男和小甜果然已经到了。当领路的女子介绍最强的神奇宝贝训家出场时，没想到出现在众人面前的竟然是……超梦？
到底谁是最强的神奇宝贝训练家？最强的神奇宝贝又是谁呢？
超梦诞生
而今，似乎很少有人知道在超梦的逆袭前还有一个被截掉的10分钟内容——超梦诞生，那是超梦在还未诞生时，年幼的它在梦境中与一个名叫小爱的女孩所经历的事情。从中可以看出，年幼的超梦其实一直是很纯真、善良的，那时的它并不介意自己只是一个拷贝品的事实。而后期却被仇恨蒙蔽双眼变得残暴无比
后来的结局（超梦的逆袭的后篇）：《超梦!我就在这里》
[编辑本段]1999年.路基亚的爆诞
小智、小霞、小健及皮卡丘一行人来到了橘子群岛，在路途上遇到了暴风雨把他们吹到了亚西亚岛上，来到这里刚好村民在举行祭典，在祭典上小智从芙萝拉的口中听到一个古老的传说，“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自触及，否则天地的愤怒将令世界走向灭亡”。这时坏人为了达到自己的目标抓洛奇亚，不惜破坏这个古老的传说，在祭典上芙萝拉要小智成为拯救世界的人，但必须得到三样宝物，这三样宝物分别在火之岛、雷之岛、冰之岛。小智去火之岛的路途中却遇到暴风雨，这时候，芙萝拉认为是她让小智走向危险的地方，所以芙萝拉、小霞、小健就决定去找小智．这时在火之岛的小智与皮卡丘要离开时遇到火箭队，而就在火箭队要强夺皮卡丘时，芙萝拉一行人刚好来到。芙萝拉与小智说话的同时，闪电鸟出现在火之岛，就在皮卡丘用它的电击与闪电鸟说话时，坏人出现了，它把闪电鸟的能源吸收后就抓了闪电鸟，连同小智一行人也被抓了。到底小智等人会如何呢？
[编辑本段]2000年.结晶塔的帝王
剧情
在一个名为绿色草原的美丽地方，居住着一位名为小美的年幼少女，她的母亲在多年前失踪（片尾曲的动画中似乎回归），而她的父亲则是一位研究unknow的科学家（unknow=未知图腾）。后来，小美的父亲在某次研究中失踪。
孤独的小美用爸爸研究所遗留下来的刻着未知图腾样子的骨牌拼出了一个图形，根据unknow酷似英文字母的形态可推测她所拼出的是：
M
P A P A
M E
A
(由于格式原因，百度无法显示原词，原词横排为PAPA和ME，竖排为MAMA
几个单词交错在一起，含义为：爸爸妈妈与我在一起。
谁知那骨牌中封印着unknow，unknow感觉到小美孤独的内心，创造出了美丽的结晶塔，以及炎帝来替代她的父亲（小美从爸爸那听来了关于炎帝的传说，一直很喜欢炎帝，因为她觉得炎帝就好像爸爸一样温柔而又可靠）。小美认为是爸爸变成了炎帝回来找她。而炎帝也将小美当做亲身女儿一般呵护有加，满足她的一切愿望。结晶塔，成了小美独自的世界，让她沉浸在幻想的快乐中。
小智一伙在旅途中来到了绿色草原，但这里却已经成为结晶的世界…… 而小智的母亲被炎帝掳走（小美以为她是自己的妈妈，央求炎帝将她带回来）
监视小智一伙的小美看到了他们的神奇宝贝而羡慕不已，unknow便使小莉瞬间分身并成人化，与小智他们进行神奇宝贝对战。认出成人化小美的小刚与他进行第一场战斗，小智他们则继续往上寻找妈妈。之后小刚完败，小莉追上与小霞战斗，小智继续往上终于找到了妈妈，而妈妈也早就恢复了意识，她告诉小美事实的真相，希望她醒悟过来，小美陷入了在真实与美好的抉择中，痛苦不已，unknow力量大爆发，炎帝也赶到与小智战斗。
小智的口袋妖怪与炎帝展开了激烈的战斗，但在力量强大的炎帝面前却显得手无缚鸡之力，毕竟炎帝是传说中的神奇宝贝，乃守护凤凰的三神兽之一，——火山的化身。幸亏此时为了帮助小智的喷火龙及时赶到，利用强大的火焰攻击与飞行能力不断攻击。小智劝说炎帝让小美离开结晶塔：“如果她一直呆在结晶塔中，或许她会快乐，但她将会是永远孤单一个人！”炎帝渴望实现小美愿望的心有了一丝动摇，但最终炎帝还是凭借着unknow神奇的力量打败了喷火龙，就在要解决喷火龙的一瞬，小美终于醒悟，阻止了炎帝，正在这一切向大结局发展的时候，unknow却因失去了小美的意识而暴走了！炎帝帮助小美与小智他们一路脱逃，来到了unknow的所在地，但所有的攻击在unknow群的精神力量下全都无效。最后，炎帝决定帮助小美实现最后的愿望——离开结晶塔，舍身攻击，在小美的信赖下，炎帝使出浑身解数，终于打乱了unknow的活动，而炎帝却渐渐消失在万丈光芒之中。结晶塔恢复了原样，小莉的爸爸妈妈（片尾曲中出现的那位女子，根据小美在见到她后的表现可推测出她是小美的母亲）也回来了，只是那存在又消失了的炎帝，到底是真身还是一个瞬间的幻影呢？我们不得而知……等等
[编辑本段]2001年.雪拉比穿越时空的遭遇
在电影开始开篇，场景被设置在40年前的一片大森林中。一个叫小羽的男孩想进去那个森林去画画,在森林内,小羽遇到了被神奇宝贝猎人追捕并受重伤的雪拉比,当他们被神奇宝贝猎人追的走投无路的时候,雪拉比带着小羽到了40年后(也就是现代),正好小智他们在这森林里,他们救了小羽,小羽告诉了小智他们关于雪拉比的事,小智他们救了雪拉比,并和他成为了好朋友.
与此同时，火箭队的三干部之一比夏斯也在寻找着并打算捕猎雪比拉。他
比夏斯拥有能将一切神奇宝贝变得凶恶的黑暗球，将雪拉比自小智他们的身边夺走。为了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智与小羽拼命奋战。可是，温柔的雪拉比已经发生了很大的变化……
激烈的对战中，传说中的神奇宝贝水君出现了！小智他们能否拯救雪拉比和森林呢！？
[编辑本段]2002年.水都的守护神
传说，从图书馆的小偷开始……
水都，小精灵水上冲浪比赛，拉提亚斯想帮小智，结果小锯鳄却走错方向。小霞以微弱差距获得冠军。
亚军载小智等人游览水都，并讲述这个城市的美丽传说。
发现桑兰与莉奥的火箭队，决定先她们一步，成为新的小偷NO.1。
桑兰与莉奥追捕变成人形卡侬的拉提亚斯，小智英雄救美，拉提亚斯跑得无影无踪。
小智等人参观博物馆，看到真正卡侬，小智上前搭话，被骂。小智一路追赶卡侬，又遇到了变成人形卡侬的拉迪亚斯，被带入神秘花园。
小智与卡侬和博物馆的爷爷化解误会，了解心灵水珠的美丽传说，回去与小霞、小刚汇合。
桑兰与莉奥行动开始！拉提奥斯为了救拉迪亚斯被抓住，心灵水珠也被抢走。拉迪亚斯变成人形跑去找小智求援，在小霞、小刚面前现出真实面目。
武藏小次郎依然肩负起跑龙套的重任……
莉奥利用拉迪奥斯与心灵水珠的力量开始发飙。
小霞、小刚被突然出现的铁栅栏困住，小智与拉迪亚斯勇往直前，摆脱复活的化石神奇宝贝的追杀，终于救出拉迪奥斯，但此时心灵水珠借由古代机器发动的巨大潮水即将摧毁城市……
已是奄奄一息的拉迪奥斯为了保护水都和妹妹而牺牲。
小智等人将心灵水珠放回原位。
最后，码头边，卡侬（拉提亚斯跑步时是手脚一起动的，但是亲小智时却不是手脚一起动）送给小智一幅画，在小智脸旁一吻告别……
当然还有，桑兰与莉奥在牢中继续研究着她们未来的小偷事业，武藏小次郎则继续着他们未来的跑龙套事业……
[编辑本段]2003年.七夜的许愿星
千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……
立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在＂沉眠之茧″中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？
[编辑本段]2004年.裂空的访问者
四年前被烈空坐消灭的迪欧西斯，四年之后来到科技发达的拉罗斯市，而小智皮卡丘等人也来到这里，在那里，他们遇到了少年托伊，托伊因为四年前的事情留下阴影而不敢与宠物小精灵接触（迪欧西斯的宇宙落下导致小精灵们的逃跑吓怕了托伊）来到拉罗斯市的迪欧西斯是什么？托伊的心结能否解除？
正当他们努力想让托伊克服恐惧时，忽然，消失四年的迪欧西斯又再度出现！小智一行人和托伊也再次体会到迥然不同的惊异体验和惊心动魄的冒险。在这极光般的舞台中，烈空坐和迪欧西斯再度卯足全劲地互相激战，可说是魄力百分百！究竟烈空坐和迪欧西斯的战斗会如何？而迪欧西斯这次回来究竟要的是什么？最后又会发生什么令人意想不到的意外危机呢？
[编辑本段]2005年.梦幻和波导的勇者
持续旅行的小智皮卡丘一行，访问了流传着「波导传说」的城镇。在城市的中心奥兰多城，举行着数百年前使用了<世界创始之树>的力量中止纷争的“波导之勇者——亚伦”的祭典。小智与皮卡丘决定参加今年勇者对战。激烈的战斗之后，获得了冠军的小智当选为“波导之勇者”。城中举办了庆祝优胜者的盛大宴会。突然幻之宠物小精灵“梦幻”出现。然而梦幻却带着皮卡丘消失了身影。与此同时，“迷之宠物小精灵”「鲁卡利欧」数百年前的封印被解开，在小智面前显现了身影的！皮卡丘在哪？梦幻的目的是什么？还有，隐藏在鲁卡利欧身上的过去和波导传说的秘密是什么？ 带者所有谜团，小智与鲁卡利欧一起向着<世界创始之树>开始了冒险。
[编辑本段]2006年.沧海的王子
在这世界上海洋某处，即将诞生一只谁都不知道的传说神奇宝贝。以广大的海洋为舞台，神奇宝贝史上最大的任务即将开始！在荒地迷路的小智一行人遇到了一位女性“广美”，以水中神奇宝贝表演而出名的码头巡回团明星。
广美是水之民的后裔，可以体会水系神奇宝贝的内心。小智等人便听广美诉说着水之民流传已久的传说。原来在海洋某处，水之民一族建造了“海之神殿-亚库夏”，里面供奉隐藏着珍宝“海之王冠”。
但目前据说谁也没看过这顶王冠的实体模样。这时，追寻着传说之谜的神奇宝贝援助员“杰克·渥克”(昵称杰奇)出现了。原来杰奇正执行一项机密任务，那就是要把苍海的王子——玛纳霏的蛋给安然送进神殿里。于是广美和小智等人也协助这项任务。忽然这时！出现了有“魅影”之称的海盗船长开来的大型潜水舰。原来魅影想要夺取王冠，借住王冠的神力来策划征服世界。但是要解开王冠隐藏的谜团，似乎还需要靠玛纳霏的蛋。这时连火箭队都想过来分一杯羹，造成了大混乱！
为了抵制魅影的阴谋，杰奇开始用捕获器借住许多神奇宝贝的力量，小智他们也拿出自己的神奇宝贝准备应战。但毕竟对方的高科技潜水舰威力太强，顿时陷入危机！神秘的蛋此时发出灿烂的光芒，玛纳霏终于诞生了！隐藏于王冠珍宝里的秘密是？而玛纳霏的神秘力量又是？最后杰奇和小智等人的任务究竟能不能圆满成功呢？！现在，准备朝向海之神殿-亚库夏，目睹这精采的冒险吧！
[编辑本段]2007年.迪亚路加VS帕鲁奇亚VS噩梦神
别名：决战时空之塔
为了参加下一个小精灵竞技赛，小智一行来到了阿拉莫斯镇，在那里遇见了一位名叫艾丽丝的可爱少女。艾丽丝带他们参观了小镇的标志建筑——时空之塔和水树相映成趣的美丽庭园。抱着观光的心情而去的小智一行却偶然遭遇庭园被不明生物袭击的事件。这个小镇有权有势的艾伯特男爵也出现在那里，他一口咬定这是传说中的小精灵——达库莱伊所为。不久，达库莱伊突然从可怕的幻影中现身于小智等人的面前。
未知的小精灵，达库莱伊，它到底从何而来？正当那时，迪亚路加和帕鲁奇亚在时空夹缝中的战斗蔓延开来。
强大的力量相互冲撞，将空间撕裂。并且，从裂口正好能看见阿拉莫斯镇的所在位置。在和迪亚路加的战斗负伤的帕鲁奇亚逃到了这个小镇。但是，感觉到帕鲁奇亚存在的达库莱依立刻对它展开了攻击。这时，追赶帕鲁奇亚而来的迪亚路加也出现在阿拉莫斯镇。被称为神的两只小精灵与达克莱依相遇之时，震撼时空的史上最强战斗开始了。
即时强烈的冲击让阿拉莫斯镇岌岌可危，不久便面临崩溃的危机。“古狄的日记”中记载的预言即将成为现实。
小智等人能否解除这个危机呢！？结果达库莱伊是敌人还是盟友呢？！「奥拉希翁」究竟是什么呢？！
[编辑本段]2008年.冥王龙与冰空的花束-雪米
[反转世界]...是存在于这个世界内部的镜子般不可思议的世界。那个美丽而规则的世界，是冥龙栖居的特殊空间。然而迪亚鲁加和帕鲁其亚的战斗造成了时空的扭曲，反转世界也因此完全被阴霾笼罩。由于自己的世界被污染而被激怒的冥龙找到了迪亚鲁加，并想将其拖入反转世界中。
另一方面，在继续旅行的小智和皮卡丘一行的面前出现了一个小小的，几乎看不见的精灵。那是有[花媚]之称的感谢神奇宝贝雪米。被卷入迪亚鲁加和基拉提那的战斗的雪米在千钧一发之际从反转世界逃出。小智一行带着精疲力竭的Shaymin前往神奇宝贝中心。
雪米用心电感应将小智一行带到了它的格拉西玳亚(グラシデア)花园，并告诉他们在这[格拉西玳亚之花]中隐藏着巨大的秘密。正准备离开神奇宝贝中心的小智等人遇到了前来捕捉雪米的火箭队。而与此同时，神奇宝贝中心外的装饰品的镜面上出现了[次元旋涡]，将火箭队、雪米连同小智一行人一起全部带往了反转世界。
从次元旋涡中脱出的小智一行人环顾四周，这里是倒立着一排排建筑物，空中处处漂浮着乌云的，广大而不可思议的反转世界。
就在这时，基拉提那突然出现，向雪米发动攻击。小智等人正要与基拉提那对抗，却传来制止之声。说话者是名叫无限的学者，他告诉小智等人不可以让基拉提那生气。
正在小智一行在无限的帮助下向现实世界回返之时，企图利用基拉提那的力量支配世界的，驾驶着高科技母舰[百万力霸]的谜之青年，ZERO出现了。和雪米一起继续着探索花园之旅的小智一行没能逃过ZERO的追踪。
...前所未有的冒险之旅的高潮，等待着你的是超越想像的“美丽奇迹”!
[编辑本段]2009年.超克的时空
继续旅行的小智一行来到了四周环绕着丰富自然景观的河畔之城米琪那。这座城中有几千年前的神殿遗址，小智一行向位于巨大岩山上的遗迹前进。岩山山顶有一片巨大的湖，遗迹就建在湖边。小智一行陶醉在美丽的湖光之中。然而，湖面波澜骤起，水上形成了龙卷风，向小智一行迫近。眼看就要被龙卷风卷起来的时候，忽有一位女子伴着[迪亚鲁加，拜托你了！]的声音出现。下一个瞬间，空间被割裂开，迪亚鲁加的身影出现…
女子名叫西娜，是遗迹的守护者。据说她有和神奇宝贝心意相通的能力。西娜将小智一行引入遗迹，用时空仪逐一介绍了迪亚鲁加、帕鲁奇亚和冥王龙的空间，然后又开始将米琪那镇的古老传说娓娓道来…
一切要从上古时代，相传创造了万物的幻之神奇宝贝亚尔修斯为救许多神奇宝贝而撞向陨石的事情说起……
一改以往的风格，本片的背景转化为希腊的雅典卫城，那一座座古老沧桑的建筑一定会让你有一种耳目一新的感觉，登场的神奇宝贝最有看头的莫过于亚尔修斯了，它被誉为神奇宝贝中的“万神之神”，其强大的能力不可估量。然后是与所有前作有着“跨世纪”的改变的“众神之战”。前两部呕心沥血描绘的神兽的形象，在这神奥三部曲的最终章大放异彩。人物的设计也与之前有了很大不同的风格。这回给我们上演什么样的好戏呢？
[编辑本段]2010.幻影的霸者Z
幻影之霸者Z的官网已公开幻影的霸者Z海报
DPP3圣兽已经累了，紧接下来的就是要追随着HGSS的热潮，继续将HGSS的神兽带入屏幕中。
目前已知雷公、水君、炎帝、雪拉比都登场。
