第一部：
2. 在宠物小精灵中心的决斗（小霞加入）
3. 终于捉到宠物小精灵了（收服绿毛虫→铁甲蛹， 收服比比鸟）
10. 猜不到有意外收获（小智收服妙蛙种子）
11. 失去主人的小火龙（小智收服小火龙）
12. 杰尼龟军团登场（小智收服杰尼龟）
13. 正辉的灯塔 （小智收服大钳蟹）
23. 在小精灵塔收服幽灵（小智收服鬼斯通）
25. 火爆猴，别生气哦!（小智收服火暴猴）
30. 小磁怪的电气老鼠之梦（小智收服臭臭泥）
35. 迷你龙的传说（小智收服肯泰罗）
54. 按快门的机会是皮卡丘 （阿彻加入）
56. 抚养家的秘密 （阿彻离队）
84. 南国小精灵与GS球（小刚离队）
85. 拯救乘龙（小智收服乘龙，小建加入）
95. 大胃王卡比兽，大恐慌（小智收服卡比兽）
116. 真新镇，我回来了 （小刚加入，小建离队）
120. 赫拉克罗斯对抗大甲（收服赫拉克罗斯）
127. 好胜的菊草叶 （小智收服菊草叶）
142. 收服火球鼠（收服火球鼠）
152. 小锯鳄是谁的？小智对抗小霞. （小智收服小锯鳄，
155. 抓到漂亮的猫头夜鹰（小智收服猫头夜鹰）
162. 捕虫大会 在自然公园收服他！（小智收服大针蜂，大针蜂送奈奈）
231. 蛋要孵化了 （小智的蛋孵化出小小象）
258. 乘龙之歌 （与乘龙重逢)(得到蛋）
259. 保护神秘蛋，在暴风天中诞生新生命（蛋孵成由基拉）
274. 再见了，接下来的旅途 （小刚，小霞离队，除皮卡丘以外所有的精灵全部留在大木研究所）
第二部：
AG01.新的大地！新的冒险！（小遥加入，并得到新人用火稚鸡）
AG03.橙华道馆对抗过动猿！（小胜加入）
AG04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队）
AG07.木守宫的森林！保护大树！（小智收服木守宫）
AG23.海边的捣蛋鬼——龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵）
AG44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）X
AG45.海市蜃楼的那边 波克比的乐园！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）X
AG58.闯越钢之谷！煤炭龟VS大钢蛇 （小智收服煤炭龟）
AG132.亚希达先生与对战开拓区!?（小霞片尾归队，小遥离队并狩猎凤蝶和向尾猫寄放在家，小刚离队并乐天河童放在家，小胜片头离队，片尾归队）
AG133.大木研究所！全员大集合！（小遥归队并得到杰尼龟，小智的煤炭龟和冰鬼护寄放在大木研究所，小遥把妙蛙种子寄放在大木研究所，小智的小小象归队，小刚片尾归队）
第三部：
DP01.出发 从双叶镇到真砂镇 （小光登场并得到圆企鹅，看到艾姆利多）
DP02.寻找皮卡丘！202号道路！（小次郎得到尖牙笼，小智收服姆克儿，小刚归队）
DP03.对战劲敌 三对三!（小光加入，真司登场）
DP04.波加曼对战含羞苞 小光的初次对战！（尚志登场）
DP05.收服草苗龟！（小智收服草苗龟）
DP26.神奇宝贝华丽大赛 苑之大会! （健悟登场，
DP52.双打对战！最终对决!! （小智得到小火焰猴）
DP55.长尾怪手与泳气鼬！各自的道路！！（小光的泳气鼬和小智的长尾怪手交换）
DP64.天蝎王与天蝎!冲出风之迷宫!（小智收服天蝎
DP76.七星级七星饭店!靠双打对战吃到全餐!!（小遥归队）
DP79.决战！小光对小遥!!W（小光得到缎带，小遥离队）
DP157.收服到圆陆鲨了!!（小智收服到圆陆鲨）
第四部：
BW01.前往合众地方!捷克罗姆的身影!!T/J/R（修帝、艾莉丝、红豆杉博士登场，修帝得到藤藤蛇，修帝与小智第一次对战，小智落败）
BW02.艾莉丝与牙牙!!T/J/R（火箭队原有神奇宝贝寄放在本部，艾莉丝同行，武藏收服滚滚蝙蝠，小智收服豆豆鸽）
BW03.水水獭!黑眼鳄!危在旦夕!!J（小智得到水水獭）
BW04.对战俱乐部!神秘的神奇宝贝现身!!R/D（东·乔治登场，小智得到暖暖猪
BW05.三曜道馆!VS爆香猴、冷水猴、花椰猴!!R/D（天桐登场）
BW07.藤藤蛇·迷人收服!?R（小智收服藤藤蛇）
BW10.劲敌对战!强敌轻飘飘!!T/R/D（富林多登场，修帝与小智第二次对战，小智落败）
BW12.破破袋战队与秘密基地!?（小智得到神奇宝贝蛋）
BW13.泡沫栗鼠有洁癖!?J/B（白露登场
BW17.从蛋中孵出的小霸王!!R（小智的蛋孵化成滑头小子，塞格博士登场）
BW18.矢车森林!虫宝包与亚堤!!（小智收服虫宝包，并将豆豆鸽寄放到红豆杉博士处)
BW19.酒侍对决!石居蟹VS双刃丸!!C（赤霞珠登场）
BW28.消失的扇贝贝!水水獭最大的危机!!S（甘尼洋登场）
BW31.劲敌对战!迷你冰、搬运小匠参战!!T/A（阿戴克在修帝回忆中登场，修帝与小智第三次对战，平手）
BW32.蓝蟾蜍、泥巴鱼!水边的战斗!!T（水水獭掌握喷射水柱，小智收服蓝蟾蜍并连同波波鸽一起寄放到红豆杉博士处，天桐收服泥巴鱼）
BW33.龙之破坏者登场!艾莉丝与龙头地鼠!!G（蓝葛雷登场，
BW34.石丸子!发射光泽电炮吧!! （小智收服石丸子）
BW38.索罗亚电影!神奇宝贝骑士传说!!L（路克登场）
BW45.奥贝姆与双卵细胞球与梦贼!!IE（阿登与阿降登场）
