1、人民代表大会制度与西方三权分立制度理论基础不同。
人民代表大会制度的理论基础是马克思主义国家学说。而洛克和孟德斯鸠的分权说是近代资产阶级国家政治制度的理论依据
2、人民代表大会制度具有人民性、真实性，而“三权分立”制度则体现出虚假性、欺骗性。
3、本质不同
人民代表大会制度本质是人民民主专政。它体现国家的权力属于人民。三权分立的本质是资产阶级统治的工具。它为政党、利益集团提供了更多途径去实现自身的利益，将矛盾的冲突和协调限定在统治秩序之中，就可以在实现社会和政治稳定的前提下实现各自的利益。
4、性质不同。
我国的人民代表大会制度，是以工人阶级为领导的、以工农联盟为基础的人民民主专政的社会主义国家的政权组织形式，是建立在社会主义公有制为主体的经济基础上的。这一制度，保障人民当家作主，行使国家权力，维护和实现广大人民群众的利益和意志。
而西方国家“三权分立”的议会制度则是资产阶级专政的资本主义国家的政权组织形式。其声称是“主权在民”的民主国家，不论采取民主共和制还是君主立宪制，实质都是资产阶级掌权，实行资产阶级专政，维护和实现资产阶级的利益和意志。
它与西方国家的阶级关系、政党制度、私有制经济基础相适应，实质是资产阶级统治无产阶级的工具。
5、代议制机关组成人员的阶级基础不同。
西方国家议会虽然打着“全民的”、“普遍的”、“平等的”、“超阶级的”选举制度招牌，其实选出的议员多数是有产者，或者是有产阶级的代理人和辩护士，从表面上看，议员都是由选民选举的，似乎是民主的，但实际上是有钱人的民主，是一种金钱和权力的交易。
人民代表大会制度下，人民代表机关的组成人员则都是根据人民意志选举出来的各方面的代表人物，有着广泛的代表性和深厚的群众基础，代表人民群众的根本利益和长远利益来行使国家权力。
6、政党制度不同。
我国的人民代表大会制度是中华人民共和国领导下的新型的社会主义民主政治制度，它是我国公有制为主体的经济基础决定的。
三权分立实行的是两党制或多党制，议员的选举、议会以及政府的组成、活动都受政党操纵。在议会选举中获得多数席位的正党，或正党联盟的领袖，或当选的总统，负责组织政府掌权的政党为执政党，未参加政府的为在野党。
虽然两党或多党轮流坐庄，一个在朝，一个在野，有时也互相攻击，但实质目的都是一个，为资产阶级集团服务，维护资产阶级的利益和统治。
