（一）地震问题
历史上，泉州发生过大地震，但已经是四百年前的历史了，四百年来此线位的地震已趋于平静。台湾海峡的主要地震威胁在于东岸，北线和中南线在地震方面差别并不大。旧金山金门大桥、日本明石大桥、青函隧道、意大利墨西拿大桥等等著名跨海工程也都修建在地震带上，而且强烈、活跃得多，琼州海峡、渤海海峡也发生过类似地震。
（二）台风问题
台海通道工程如果采用桥梁，尤其是大跨悬索桥，就必须特别考虑强风问题。泉州彰化一线由于台湾高大山脉的挡风墙效应，强风影响较小，且桥隧方案中，桥梁基本都采用抗风效果好的桥型。而平潭、新竹是台湾海峡最著名的强风地带，非常不利于建桥，且如果在深水区建桥，势必需要大跨度的悬索桥，这是最不利于抗风的桥型。
（三）通航问题
台湾海峡是世界黄金水道，船舶通行非常繁忙，隧道可以避免和通航的冲突，但造价、难度太大，桥隧结合无疑是最佳解决方案，正好台湾海峡主航道在于中线偏西，而泉州-彰化线隧道位置也正好在主航道上，其余桥梁部分通航要求很小，可谓完美。
（四）通行问题跨海长通道对于驾车来说存在着很大的压力和风险，通行铁路有利于人的专业化分工、自动化运行，使大量驾车者得以解放，速度效率更高，风险压力更低，因此海峡通道最好是通行铁路，车辆可通过列车拖挂的。
