1.各地发展较快，但实效性差，发展不平衡
中小学心理健康教育经过了呼吁--起步--发展--提高等四个阶段，全国各地广大中小学校对心理健康教育的认识有了很大飞跃，各地普遍开展了形式多样、内容丰富、适合中小学生特点的心理健康教育。但从全国看，地区不平衡，数量不平衡，质量不平衡。从地区看：南方好于北方，东部好于西部，城市好于乡村。从学校看：一部分学校从80年代就开始实验，经过十余年的不懈努力，已经取得丰硕成果；一部分学校受全国中小学大力开展心理健康教育的感染，
也纷纷根据地情、校情、师情、学情开展了丰富多彩的学校心理健康教育活动，并取得了一些成效；还有一部分学校，特别是地区较偏远，经济欠发达，信息较闭塞，观念较陈旧，思想较保守的学校，正在觉醒或积极行动起来，开展这项教育活动。从教师队伍看：一部分心理辅导教师受过专业训练，具有较扎实的教育学和心理学理论知识，且专门从事学校心理辅导工作，
具有较丰富的实践经验，这些教师是目前心理健康教育的中坚和骨干力量。还有一些心理辅导教师是由生理卫生教师和德育教师转行的，但经过几年的培训和自学，大部分教师已基本掌握了学校心理辅导的方法和技巧，基本能完成学校心理健康教育工作。还有一部分心理辅导教师是迫于形势的需要，由学校的非教学人员或不能胜任教学任务的教师改行担任。这部分教师，教育理论底子薄，缺乏心理健康教育的专业知识，实践经验少，因此，很难胜任学校心理健康教育工作。这类学校心理健康教育一般流于形式，很难收到实际成效。
2.论研究薄弱，对于心理健康教育中的一些基本概念和基本理论问题认识尚不一致
目前，学术界和教育界对中小学心理健康教育的定义、历史发展、研究对象、目标、功能、任务、内容、原则、教育环境、管理、师资与培训、教育的模式、途径、活动课程的确立、心理训练、心理辅导、心理测量、心理咨询、心理治疗、心理暗示等基本概念还有不同认识，对心理健康教育的内涵和外延还存在着不同理解，其理论框架还不很清晰，心理健康教育的理论体系还没有真正建立起来。
对于如何开展学科渗透心理健康教育，开设心理辅导活动课，在学校建立辅导与咨询室，对个别学生的心理问题进行干预与援助，如何在学校各项活动中贯彻心理健康教育，中小学生心理档案的建立及中小学生常用的心理咨询与治疗的原理与方法等还有不同的认识和做法，没有形成完整的科学的运行体系。目前看，理论研究的滞后，已经阻碍了心理健康教育工作的开展。我们呼吁：教育行政部门要组织科研部门和学校投放力量，加大力气，对实践中遇到的理论问题深入研究，力争“十五”期间有所突破，形成自己的理论体系。
3.形式多样，但缺乏规范，心理健康教育的科学化、专业化水平不高
目前，在中小学校开展心理健康教育的形式主要有：①开设心理健康教育课；②学科渗透心理健康教育；②在学校各项活动中开展心理健康教育；④建立学生心理档案，建立学校跟踪反馈矫正系统；⑥通过建立“悄悄话”信箱，对个别有心理问题的学生进行心理辅导与咨询；⑥通过建立与家长联系制度，形成家庭、学校、社区主体心理健康教育模式。
虽然学校开展心理健康教育的形式是多样的，但也存在问题。主要是：①在学校开展班、团队活动时，常常将心理健康教育德育化，将学生的情绪、性格问题归为思想品德问题。②在心理健康教育活动课程方面，各地问题较多：第一，教材版本繁杂。有课题组编写的实验教材；有学者根据多年经验编写的教材；有实验教师自己根据工作需要编写的教材；也有书商从利益角度出发，组织“枪手”编写的所谓“实用”教材。第二，讲授方法多样。一些地方能够遵循心理健康教育的规律，采用讨论式、探索式和活动式等教学方法，使学生通过教师的引导达到自我启发、自我教育、自我升华的目的。但也有一些学校把心理健康教育知识化，像讲授数学、语文课那样，热衷于讲解心理学的概念。第三，课时不统一，一些学校还不能保证时间。有的学校每周一节，有的双周一节，有的学校根据实际需要和教师的能力不定期授课。②学校心理健康教育应该是全体教工的行为，教育活动范围应辐射学校方方面面工作；但也有些学校，把心理健康教育狭隘化，把它只看做是心理健康教育教师的事。④随着心理健康教育的普及和开展，有相当一部分学校已经从实践和工作中认识到了学校开展心理健康教育的重要性，但有些学校只在所谓心理健康教育的硬件上下功夫。如建立学生心理档案，热衷于搞各种心理测验，
购置一些不适合学生特点的心理测验仪器，把心理健康教育形式化，热衷于搞花架子，做表面文章。
4.专业人员匮乏，且部分教师专业技能亟待提高
目前，学校从事心理健康教育的专业教师相当匮乏，专兼职教师一般为1-2名，而需要服务的学生达几千人。教师既要上心理健康教育课，又要开展心理辅导与咨询，还要开展各种心理训练，远远不能满足学生心理服务的需要。
自80年代初期，学校开展心理健康教育以来，经过近20年的发展，开展这项工作的教师已经形成队伍，并且初具规模。按专业水平和发展趋势可分为：
第一部分，经过正规师范院校培养的本科生或研究生，他们受过高校心理健康教育专业理论知识训练，有较扎实的理论功底，现在学校从事专门的心理健康教育工作。由于工作时间不长，他们教育、教学经验不足，还基本停留在纸上谈兵阶段，没有真正把所学理论和教学实践结合起来。但如果经过正确引导和本人刻苦努力，在实践中磨练几年，他们将会成为我国从事学校心理健康教育的主力军。
第二部分，现在从事学校心理健康教育工作的专职教师，他们虽然没有受过系统心理学专业训练，但他们大多受过高等教育，有很坚实的脑科学和社会科学理论知识，有很丰富的教学经验和教学管理经验，经过长期实践探索，又自学有关理论知识和参加有关训练，他们理所当然地成为了目前是学校开展心理健康教育的骨干。但这部分教师如果不加强理论学习，目前虽然能胜任工作，但很快就会落伍。
第三部分，一些学校领导还存在错误认识，把学校开展心理健康教育当做摆设。为了应付检查，把一些不能胜任教学第一线工作的教师安排做心理辅导教师。他们既没有心理学专业知识，同时教学方法又陈旧落后。这部分学校开展心理健康教育似有实无。
第四部分，还有一部分学校没有配备专职心理健康教育方面的教师。政教主任、团委书记、大队辅导员、德育副校长，谁有时间谁来抓，面上看是齐抓共管，实则谁都没有深入细致地研究这项工作，使心理健康教育流于形式，做的是表面文章。
5.整体化不够，还没有形成学校全方位多层次心理服务系统。
学校心理健康教育的方法灵活多样，学校应该采取领导与教师结合，课内与课外结合，
教育与自我教育结合等形式全方位进行。
