现在，美国联邦法院系统由94个联邦地区法院、13个联邦上诉法院和一个最高法院组成。
1、联邦地区法院
每个州至少有一个地区法院，较大的州可能设立2至4个地区法院。现加利福尼亚州设有四个地区法院，办公地点分别在旧金山、萨克拉门托、洛杉矶和圣迭戈。纽约州和得克萨斯州也有四个地区法院。美国全国50州共设有89个地区法院，另外哥伦比亚特区、波多黎各、美属维尔京群岛、关岛、北马里亚纳群岛各有一个地区法院，一共94个联邦地方法院。每个地区法院至少有一名法官，共有576名地区法官。设在纽约市的纽约州南部地区法院法官最多，有27名法官。联邦地区法院法官都是由总统经参议院同意后任命，终身任职。地区法院是初审管辖法院，也是联邦司法系统中“工作最重的”的法院。这91个联邦地区法院只有联邦的司法管辖权。但联邦地区法官审理的案件可能涉及不同州的公民，这时，他们也要应用有关州的法律。经联邦地区法院判决的案件，大多数可以上诉到联邦上诉法院，有少数几种可以直接上诉到最高法院。
地区法官可以任命书记官、法警、法律书记员、法庭报告发布官、法庭记录员等协助他的工作。但最重要的角色是联邦执法官。联邦执法官分专职和兼职两种，全国现共有287名专职执法官和168名兼职执法官。他们也是由地区法官任命，但需要经联邦司法地区的居民组成的陪审员小组审查。执法官任期八年，其职责是发布逮捕状、决定被捕者是否应由大陪审团起诉。每个地区法院还有一名联邦执行官，他由总统任命并受联邦司法部长的监督，他的主要职责是维持法庭秩序、实施逮捕、执行法院命令，传唤证人等。
2、联邦上诉法院
美国全国50州划分为11个司法巡回区，此外，首都华盛顿哥伦比亚特区作为一个巡回区，每个巡回区设立一个联邦上诉法院，共12个上诉法院。每个巡回区所管辖的范围大小不同，如第二巡回区只辖纽约和康涅狄格两州，第九巡回区则辖加利福尼亚等太平洋沿岸及夏威夷、阿拉斯加九个州并加上关岛和北马里亚纳群岛。
另外还有一个特别的“联邦巡回区”，其上诉法院称为联邦巡回上诉法院，由12名总统提名经参议院同意任命的法官组成，办公地点也设在哥伦比亚特区。该上诉法院与其他12个上诉法院地位相同，但其管辖的地理范围涉及全国，而管辖的案件限于审理由各联邦地区法院及有关联邦独立管理机构转来的涉及专利、商标、版权、合同、国内税收的案件，以及索赔法院和国际贸易法院的判决。因此，在哥伦比亚特区有两个上诉法院，一个为哥伦比亚特区上诉法院，一个为联邦巡回上诉法院，两者是不同的。
每个联邦上诉法院有6至28名法官，也都是由总统提名，经参议院同意后任命，皆为终身职。上诉法院审理案件，一般由三名法官组成法庭，但特别重要和有争议的案件要求全体法官出席。上诉法院只有上诉管辖权，受理经辖区内联邦地区法院判决的案件的上诉，也审查联邦贸易委员会之类的独立管理机构的行动。
最高法院、联邦上诉法院、联邦地区法院是根据宪法第三条设立的，因此被称为“宪法性法院”，又称“宪法第三条法院”，但它们都属于一般管辖权的法院。另外，还有国会设立的特别宪法性法院，如合众国国际贸易法院、合众国索赔法院。
此外，还有一类不是根据宪法的第三条设立而是由国会为某些特别的目的而设立的法院，或者说是由国会为行使宪法第一条所赋予的立法权而设立的法院，被称为“立法性法院”，或者“宪法第一条法院”。立法性法院的法官一般由国会规定了明确的任期，并被授予非司法的职能，其挑选和任命程序也与宪法性法院的法官不同。如合众国军事上诉法院审判案件应用军事法，由三名文职法官组成，由总统经参议院同意任命，但任期为15年；破产法院专门审理有关破产的案件，法官由联邦上诉法院任命，作为联邦地区法院的附属机构。
3、最高法院
合众国最高法院是唯一直接由宪法明确规定而设立的法院，也是联邦法院中的最后上诉法院。1790年根据1789年司法条例成立，其组成人数几经增减，1869年国会通过法令规定最高法院由一名首席法官和八名大法官组成。30年代，由于最高法院宣布一系列新政立法违宪，引起罗斯福总统不满，他在1936年竞选连任获得压倒优势的胜利，便在1937年向国会提出改组最高法院的法案，将最高法院的法官人数增加到15人，以便通过“掺沙子”来改变最高法院的态度。但这一法案未能获得国会通过，因此，美国最高法院至今仍由9名法官组成。
美国联邦最高法院的管辖权分初审管辖权和上诉管辖权。其初审管辖权只适用于两类案件：一是涉及大使、其他公使和领事的案件，另一类是一州为一方当事人的一切案件。第二类案件中，州与州之间的法律争执，初审管辖权为最高法院所专有。而一个州与联邦政府之间的诉讼，或者一个州与另一州的政治实体、法人团体或公民之间的诉讼，最高法院虽然拥有初审管辖权，但最高法院也可以让联邦下级法院去初审。
除了上述两类案件外，所有属于联邦司法权范围的其他案件，最高法院都拥有上诉管辖权，并且必须“依照国会所规定的例外和规章”，这就是说最高法院的上诉管辖权要受国会的控制，由国会决定。涉及联邦问题的案件，可以由州最高法院直接上诉到最高法院，但是，上诉案件的工作量太大，因此，最高法院只能挑选审查最重要的案件。每年，最高法院的开庭期从10月的第一个星期一到第二年的六月。在一个开庭期里，最高法院要处理大约5,000宗案件，实际上只占联邦法院处理的案件的大约3%。在大多数情况下，最高法院都是只做一个简短的判决，以“不合要求”或“无关紧要”为由，认为用不着由它复审。每年由最高法院判决的案件约有200到250件案件。但对某些案件，最高法院必须审查，其中包括：州最高法院在终审判决中否定合众国条约和法律的效力的案件，州最高法院的终审判决支持了与合众国宪法、条约、或法律相抵触的州法律的案件，联邦上诉法院裁决州法律与合众国宪法、条约、法律相抵触而无效的案件，联邦地区法院在判决中宣布国会制定的法律违宪的案件，以联邦政府或其任何机构、官员为一方当事人的民事诉讼案件，联邦地区法院的其他某些判决。
对于是否受理上诉案件，最高法院有自由裁处权，有权决定它想讨审理哪些案件，它可以以“缺乏实质性联邦问题”或“没有适当的联邦问题”为由而拒绝受理上诉案件；也可以发出“调案令”，把它认为值得审理的重要案件调到最高法院来复审。无论是受理上诉案件，还是调审重要案件，都需要有四名法官同意。最高法院是否受理一个案件，不是取决于这个案件对当事人的意义，而是取决于这个案件对“整个政府系统的运行”的重要性。
美国最高法院的首席法官是美国政治制度中最重要的角色之一。最高法院的首席法官和其他八位大法官一样，都是由总统提名经参议院同意后任命，终身任职。但四年一度的总统宣誓就职仪式由他主持，监督总统做出宪法所规定的宣誓，在形式上是由他赋予新任总统以合法地位和宪法权力。他又是最高法院的主持人，并作为整个联邦司法系统的头号官员履行管理的责任。但他只是作为“首席法官”而不是“院长”。所谓“首席”，意味着他的角色仅仅是充当“同事中居首位者”。他的权力和影响主要是“劝说”而不是命令。除了管理职责和薪俸略高以外，首席法官在做出判决时与其他大法官的权力是同等的。但首席法官可能用他的司法主张来影响其他大法官，他主持开庭和法庭辩论，主持讨论案件的会议，并可以提出处理案件的建议，安排和指派判决书的撰写。在讨论判决的秘密会议上，首席法官有权首先发言，可以起到“定调子”的作用。在就判决投票时，首席法官最后一个投票，如果其他法官分为两种不同意见又票数相等，他的一票就具有决定意义。因此，首席法官对判决过程和判决结果有较大的影响，在美国的政治发展史上发挥重要作用。迄今美国历史上已有过16名最高法院首席法官，其中最著名的如19世纪的约翰·马歇尔和罗杰·B·坦尼，40年代的哈伦·F·斯通，战后的厄尔·沃伦和沃伦·伯格等。马歇尔任职的时间最长，自1801至1835年，共35年。但进入本世纪后，最高法院首席法官的任职年限均在20年以内。威廉·霍华德·塔夫脱是美国历史上唯一的一位在成为最高法院首席法官之前曾经担任过总统的政治家。
美国最高法院全体法官组成一个法庭，审理案件时原则上应全体出席。最高法院在开庭审理案件之前，法官们要阅读诉讼各方所递交的“辩护状”，其中包括各方提出的法律论据、历史材料和有关的判例，有的可能长达数百页。除了诉讼各方外，最高法院还可能收到“法庭之友”提交的辩护状，个人、团体、公司或政府机构，都可以作为法庭之友，表示他们对案件的关注并提供有关的信息，这成为利益集团向最高法院施加压力的一种手段。甚至总统也会运用法庭之友的方式，通过联邦政府的司法部劝说最高法院改变主意。在1989年的一宗案件中，最高法院所收到的法庭之友辩护状就多达78件。
最高法院开庭听取口头辩论，由诉讼各方的律师进行辩护，辩护的时间有一定限制，一般为半小时，有的也放宽到一小时。但是，律师们在作口头陈述时，法官却可能心不在焉，因此，有人做了这样的描写：他们或交头接耳，或翻看材料，当他们觉得律师的陈述特别乏味时，就会不时故意夸张地看自己的手表。
在阅读和研究过辩护状、听取了口头辩论后，最高法院就要举行会议讨论这些案件。这种会议在每个星期三下午和星期五的整天由首席法官主持召开，秘密举行，因而被称为“幕后活动”。它的判决以投票表决的方式做出，包括首席法官在内的九名法官都有同等的表决权。南北战争后的重建期间，由于最高法院在一系列判决中扼杀了重建成果，激起国会对最高法院的尖锐批评，众议院在1868年通过了一项议案，要求最高法院必须有三分之二多数才能宣布一项国会法案违宪。但是，参议院却否决了这项议案。自最高法院成立以来一直是依多数票做出裁决。投票后即根据表决结果起草一份判决意见书。当首席法官站在多数票一边时，便由他指派一名法官起草判决书。如果首席法官属于少数派，便由多数一方的资深法官来指派法官起草。但每位法官都可以写出自己的附议意见书，而不论他是否赞成多数的意见。少数派的法官可以写上自己的不同意见，多数派的法官如果同意判决的结果，论证的理由却不同，也可以写出并存的附议意见书。如1952年，最高法院在关于杜鲁门政府接管钢铁厂案的判决中，以6票对3票裁决总统接管是篡夺立法权的违宪行为，判决书由多数派布莱克法官起草，另外五位赞成这一判决的法官分别写上了各自不同的见解，首席法官文森则代表少数派的三位法官起草了反对意见，为杜鲁门的行动辩护。这样，这份判决书中就包括了七种不同的意见，当然，这种判决不如一致多数和全体一致的判决那样有影响，因为这种判决本身就是“含糊不清，令人眼花缭乱”的。
