1904年12月上旬，中国驻美公使梁诚就中国的赔款是用黄金还是用白银一事，与美国国务卿海约翰据理力争。谈话间海约翰透露出一句：“庚子赔案实属过多。”这一信息立刻被梁诚捕捉。这说明美政府已发现其有关部门在上报庚子之乱的损失之中，有“浮报冒报”的现象。梁诚非常机敏地放弃了谈判战略，不再去和海约翰纠缠赔款用金还是用银的了，而是“乘其一隙之明，籍归已失之利”。于是他不放过任何机会，在美国国会及议员中四处游说退还不实赔款。1906年初美国伊利诺大学校长爱德蒙·詹姆士送呈总统西奥多·罗斯福一份备忘录，要求美国政府加速吸引中国留学生到美国去。同年3月6日美国传教士明恩溥到白宫进谒罗斯福总统。他建议总统将中国清政府的庚子赔款退还一部分，专门开办和津贴在中国的学校。1907年明恩溥发表《今日的中国和美国》一书，他在书中指出，应该多让一些中国知识分子去美国留学。在明恩溥等人的推动、鼓吹下，罗斯福给国会提出了一个谘文，指出：“我国宜实力帮助中国厉行教育，使此巨数之国民能以渐融洽于近世之境地。援助之法宜招导学生来美，入我国大学及其它高等学社，使修业成器，伟然成才，谅我国教育界必能体此美意，同力合德，赞助国家成斯盛举。”
1908年5月25日，美国国会通过罗斯福的谘文。同年7月11日，美国驻华公使柔克义向中国政府正式声明，将美国所得“庚子赔款”的半数退还给中国，作为资助留美学生之用。留下的那部分“实应赔偿”，内容包括美国出兵中国的军费赔偿及美在华商人与传教士的损失赔偿。
当时为什么美国人想用退赔的庚款办学呢？美国伊里诺大学校长詹姆士在1906年给罗斯福的一份备忘录中声称：“哪一个国家能够做到教育这一代中国青年人，哪一个国家就能由于这方面所支付的努力，而在精神和商业上的影响取回最大的收获。”“商业追随精神上的支配，比追随军旗更为可靠。”因此他敦促美国政府采取措施通过吸引中国留学生来造就一批为美国从知识和精神上支配中国的新的领袖。
1908年10月28日，两国政府草拟了派遣留美学生规程：自退款的第一年起，清政府在最初的4年内，每年至少应派留美学生100人。如果到第4年就派足了400人，则自第5年起，每年至少要派50人赴美，直到退款用完为止。被派遣的学生，必须是“身体强壮，性情纯正，相貌完全，身家清白，恰当年龄”，中文程度须能作文及有文学和历史知识，英文程度能直接入美国大学和专门学校听讲，并规定他们之中，应有80%学农业、机械工程、矿业、物理、化学、铁路工程、银行等，其余20%学法律、政治、财经、师范等。
美国用心良苦的教育计划，成效卓然。考取庚子赔款（胡适是第二批）而留美的中国学生，在后来的几十年间成了中国学术界最闪亮的明星，而他们的言传身教，又深深地影响了后来者。
到了30年代，美国已超过日本，成为中国留学生最多的国家。而同时，美国人在中国建立了12所教会大学，这其中包括赫赫有名的燕京大学。教会医院则出现了协和医院，洛克菲勒基金会则资助了中国学者们的农村调查与考古行动。
英国退款
1926年初，英国国会通过退还中国庚子赔款议案（退款用于向英国选派留学生等教育项目），即派斯科塞尔来华制定该款使用细则。当时，胡适是“中英庚款顾问委员会”中方顾问。
苏俄退款
1917年俄国十月社会主义革命成功后，苏俄政府宣布放弃帝俄在中国的一切特权，包括退还庚子赔款中尚未付给的部分。俄国人在中国的特权也将取消，而所有这些的交换条件只有一个：北洋政府承认新生的苏维埃政权。 1924年5月，两国签订《中俄协定》，其中规定退款用途，除偿付中国政府业经以俄款为抵押品的各项债务外，余数全用于中国教育事业，由中苏两国派员合组一基金委员会（俄国退还庚子赔款委员会）负责处理。
法国退款
法国庚款退还余额总数为39.158万余法郎，折合美金为7.555万余元。此项余额总数，按照协定自1924年12月1日起，至1947年止。逐年继续垫借中法实业银行，作为该行发行五厘美金公元担保。而中法实业银行即以此项美金债权，充作四项费用之用：1．换回远东债权人所持之无利债券；2．办理中法间教育及慈善事业；3．代缴中国政府未缴清之股本余额；4．拨还中国政府所欠中法实业银行贷款。
1920年初，李石曾与蔡元培、吴敬恒，利用庚子赔款，创办中法大学于北京。先生任董事长，蔡元培任校长。同年冬，蔡元培与先生再度赴法，与法国里昂市长赫礼欧，里昂大学医学院院长雷宾等，合作设立里昂中法大学协会，决定在里昂成立中法大学。
其他国家退款
第一次世界大战爆发后，英、法、俄等协约国劝说中国参加协约国对德作战，借此打击德国在远东的利益。为此中国曾向各国提出缓付庚子赔款，希望延付10年，日、意、俄等国都表示同意。
