按照原计划，准备用于核攻击的城市不止是广岛、长崎，还包括小仓、福冈、大阪、京都，一共六个城市，而长崎原本排在小仓之后，只是轰炸时天气原因改为长崎。
核攻击的目标选定是有深意的，除了沉重打击日本的士气和抵抗意志，战略和战术的选择是很重要的。
在这六个目标中，广岛被称为“日本陆军之都”，当时是日本第二总军（相当于方面军）司令部所在地，也是中国（指日本关西地区）军管区总部所在地，日本陆军的大部分主力皆出自于此，一代代的日本陆军军人，在这里出发，经历了甲午战争、日俄战争、吞并我国东北、卢沟桥、哈尔滨平房731部队、南京、武汉、潘家峪、平顶山、桂河大桥......可以说，这个城市就是日本陆军的象征，摧毁它就基本上能让关西、九州的陆军指挥中枢陷入瘫痪，为美军在九州登陆的“奥林匹克计划”铺平道路。
小仓是北九州的兵工业中心和最大的武器库所在地，摧毁这个地方日军就更将陷入无枪无弹的境地，美军在九州登陆作战就容易得多。
长崎市日本最重要的造船中心，不仅海军战舰，大多数民船也在这里建造，摧毁此地就将严重打击日本这个岛国的航运能力。
福冈是北九州经济政治中心，主要担负着与亚洲大陆的联系，摧毁这里能将最近的朝鲜和满洲支援的可能性降到最低，使九州登陆计划进一步铺平道路。
大阪、京都对于日本的重要性不言而喻，但是预计目标排在前面四个城市之后，总体而言还是为了打击抵抗意志，摧毁这种历史悠久的古城市，能够毁灭一个民族的文化象征，军事上的意义倒是不甚重要。
由于日本投降，计划中用于核攻击的原子弹包括“胖子”、“小男孩”、“吉尔达”、“海伦”等，只使用了两颗，后两者后来用于比基尼岛核试验，如果日本不投降，吉尔达和海伦就要在福冈、小仓、大阪、京都上空爆炸了。 可以看出，选择的这六个目标全是日本关西、九州地区的城市，这说明在占领日本本土的“没落”计划中，这六个目标是为了第一阶段的“奥林匹克计划”，即在九州南部登陆行动准备的，在第二阶段的“冠冕计划”，即在本州登陆行动中，也可能将关东城市列入攻击对象，但是众所周知，日本在第一阶段尚未实施时就已经投降，因此日本关东城市并没有被攻击或者列入攻击计划。
