新旧《行政单位会计制度》主要有以下十个方面的变化：
一是会计核算目标进一步明晰，定位于满足行政单位预算管理和财务管理的双重需求。
二是改进会计核算方法，扩大“双分录”应用范围。
三是将近年来为适应财政改革要求分别发布的会计核算补充规定统一体现在新制度中。
四是进一步充实了资产负债核算内容，新增无形资产和在建工程等会计科目。
五是新增“政府储备物资”和“公共基础设施”等科目，与行政单位自用资产相区分，单独核算反映行政单位为社会提供公共服务的资产情况。
六是增加固定资产折旧和无形资产摊销的会计处理，真实反映资产价值，为今后准确核算行政成本奠定基础。
七是解决基建会计信息未在行政单位“大账”反映的问题，要求基建会计信息必须定期并入行政单位会计“大账”。
八是进一步完善净资产核算，增设“资产基金”和“待偿债净资产”科目，主要反映非货币性资产和部分负债变动对净资产的影响。
九是进一步规范单位收支会计核算，调整收支类会计科目设置。
十是完善财务报表体系和结构，改进资产负债表和收入支出表的结构和项目。
