乡村旅游发展无论在其发展模式、发展特色还是在发展规划、发展成果等方面都取得了瞩目成就，为今后乡村旅游发展提供了宝贵的经验，然而不可避免的也逐渐显现一些问题，制约着乡村旅游的进一步发展，具体有以下表现：
缺乏统筹规划
乡村旅游发展所在地，很多是经济发展落后的地方，因此，资金不充足，导致很多乡村旅游缺乏合理规划，甚至没有形成一个完整、详细的总体规划来指导其发展，最终导致乡村旅游发展的总体形象、发展战略以及发展布局、发展目标不明确，这样很容易导致乡村旅游发展与初衷出现偏差。
旅游产品独特性缺乏
乡土气息是乡村旅游的特质，也应该是发展乡村旅游的重点打造对象，然而随着乡村旅游的不断发展，很多地区忽视了这一点，逐渐趋于大众化旅游，造成产品的同质化现象，忽略了乡村旅游游客的参与性项目，而只是单纯地满足游客旅游的最基本的六大要素。对于项目地文化、民俗的深度挖掘不到位，长期下去，这些基本旅游功能的乡村旅游产品根本无法支撑其长久有效发展，也是乡村旅游今后发展的一个瓶颈。
资金回收期较长，经营效益不理想
乡村旅游的白炽化发展，导致其盲目开发，缺乏对乡村旅游项目的投资回收期的合理预算，即便进行合理预算，在具体经营过程中，由于各种原因，偏离规划目标，导致实际的投资回收期遥遥无期，加上很多乡村旅游旅游宣传意识薄弱，在“酒香也怕巷子深”的时代，这是任何旅游发展致命的弱点，结果是旅游地经营效益不理想，导致人力、物力、财力的极大浪费。
4、乡村旅游发展的季节性导致资源的浪费
大众旅游中出现的旅游旺季“人看人，人挤人”，旅游淡季“旅店关门、旅游基础设施搁置”的现象在乡村旅游发展过程中逐渐显现，究其原因，主要是乡村旅游产品的单一性、乡村旅游观光化发展以及乡村旅游发展中营销策略的不到位等原因所导致的乡村旅游的季节性所致。
“硬”服务与“软”服务均有待提高
“硬”服务是乡村旅游发展所依托的基础配套设施，正如上面所提到的，乡村旅游发展所在地大多是经济欠发达地区，基础设施相对比较落后，发展旅游很大程度上依赖的是政府的大力支持，基础设施也是，还处于不完善状态。同样，旅游服务等“软”服务虽然随着乡村旅游的发展不断提高，但是要支撑其继续发展还需要进一步的提升。
