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中国医学科学院、北京协和医学院药用植物研究所和北京药用植物园，建于1983年8月。总所设在北京，位于中关村科技园区；下设云南、海南、广西、新疆、重庆和贵州分所。是国内唯一专业从事药用植物资源保护和开发利用的国家级公益型研究所，是世界知名的药用植物专业研究机构之一，是国内顶尖的从事中药研究的专业机构，是世界卫生组织传统医学研究合作中心。
研究所的目标和定位是：以支撑和引领我国中药资源学及中药资源可持续利用，促进中医药可持续发展为目标，面对国家、行业、社会和经济的重大需求，重点解决药用植物研究的难点、热点问题，以系统整合、资源共享为措施，协同创新为驱动，建成多学科交叉融合的国内领先、世界先进的从事中药资源保护、可持续生产和开发利用的国际性综合强所。
研究所现有职工667人，其中：中国工程院院士1人，正、副研究员178人，国家级突出贡献专家5人，全国杰出专业技术人才1名，全国百千万人才3人，卫生部突出贡献专家5人。在课题负责人中45岁以下科研骨干占83%。共有硕士和博士研究生导师74人、在读硕士和博士研究生178人、在站博士后43人。拥有药用植物亲缘学创始人、“中草药活字典”肖培根院士，“天麻之父”、“黄连之圣”徐锦堂教授，“西洋参大王”刘铁城教授，“砂仁阿普”周庆年教授和南药引种专家陈伟平教授等国内外知名专家以及一批高水平的中药科研人才和一支朝气蓬勃的青年科研骨干队伍。
秉承“求真务实 科学发展”的所训，药植人承前启后、锐意改革，开拓创新，推动药用植物资源保护与可持续利用相关基础研究和应用基础研究的快速发展，形成涵盖中药资源、药用植物栽培、天然药物化学、药理毒理、生物技术及相关专业的完备的创新体系，引领了我国药用植物科技创新体系的创建，具备了较高的国际影响力。
创新要素持续积累，平台基地日益加强。建所以来，先后承担来源于国家高技术研究发展计划（863计划）、国家重点基础研究发展计划（973计划）、“重大新药创制”国家科技重大专项、“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”国家科技重大专项、国家科技支撑计划、国际科技合作专项、国家自然科学基金、行业专项等国家科技计划和基金的科研项目（课题）840余项，累计到位经费近5亿元，获批建设濒危药材繁育国家工程实验室、国家药用植物种质资源库、国家化合物库、中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室、中药资源教育部工程研究中心、国家中医药管理局中药资源保护重点研究室、中药（天然药物）创新药物发现及转化医学北京市重点实验室、海南省南药资源保护与开发利用重点实验室、国家中医药管理局中医药国际合作基地、全国药用植物园联盟、全国中药材生产技术服务平台及天然药物、健康产品的研究与开发中关村开放实验室等一批高层次科研和学术交流基地，打造了“中药资源学”教育部长江学者和创新团队、“沉香等珍稀南药诱导形成机制及产业化技术”国家重点领域创新团队等一系列充满活力的科研队伍。
科研产出规模不断扩大，成果结构快速优化。建所以来，累计发表科研论文3500余篇，近5年发表SCI论文逾500篇，其中发表于《EMBO JOURNAL》、《NATURAL PRODUCT REPORTS》、《PNAS》、《NATURE COMMUNICATIONS》、《CLADISTICS》、《BRITISH JOURNAL OF PHAMACOLOGY》等国际知名期刊的论文比例逐步增加，二篇论文被评为2012年中国百篇最具影响优秀国内学术论文；共申请发明专利219项，已获授权55项；获得省部级以上奖励共88项，其中国家级奖励8项；主持编写《中药志》、《中国药用植物栽培学》、《中国药用真菌学》等专著100余部（卷）；培养硕、博士毕业生588人，培养出站博士后48人。
国际和国内学术交流更加活跃，行业地位稳步提升。建所三十年来，先后与英国、美国、加拿大、法国、意大利、日本、韩国、波兰、卢森堡等50余个国家建立了合作关系或开展交流活动；60余人到美国、英国、韩国和香港等地培训、学习或合作研究、300余人被派往国（海）外参加学术交流或国际会议；接收50余名来自加拿大、日本、奥地利、卢森堡、比利时和韩国等国家或地区的人员进修、培训。作为世界卫生组织传统医学研究合作中心和第三世界科学院的成员单位，先后接待访问团900余批，约4500余人次。主办或承办“第三届和第九届国际传统药物学大会”、“首届中药现代化国际会议”、“全球中医药联盟研讨会”、“传统医药国际科技大会暨博览会”、“中药安全与质量控制国际学术研讨会”等，为同行学者提供了交流平台，推动了国家药用植物资源的保护、利用与开发；与一批国内外高校和科研院所建立了实质性合作关系，促进了学科交叉和前沿研究；成为中国药学会中药和天然药物专业委员会、中国中医药信息研究会中药研究开发与咨询专业委员会的主任单位或挂靠单位；与天津药物研究院联合主办了中国中药专业首份英文期刊《Chinese Herbal Medicines》；加入欧盟委员会FP7框架计划和科技部对欧专项等合作计划。
科研成果转化更有力度，支撑社会发展更有深度。建所以来，一批批研究成果走出实验室，为中药事业发展提供了有效的科技支撑。研究完成天麻、西洋参、黄连、砂仁等中药材的引种和大规模生产技术，累计创造经济价值超过70亿元；与贵州、云南、宁夏、海南等省区建立战略合作关系，在药用植物栽培、新药研发等方面实现深度合作，累计指导药用植物栽培基地种植面积百万亩以上，潜在经济价值百亿元以上。
