一、外形不同
1、南瓜：南瓜（学名：Cucurbitamoschata (Duch.exLam.)Duch.exPoiret）葫芦科南瓜属的一个种，一年生蔓生草本植物，茎常节部生根，叶柄粗壮，叶片宽卵形或卵圆形，质稍柔软，叶脉隆起，卷须稍粗壮，雌雄同株，果梗粗壮，有棱和槽，因品种而异，外面常有数条纵沟或无，种子多数，长卵形或长圆形。
2、北瓜：笋瓜（学名：Cucurbitamaxima Duch.exLam.）是葫芦科南瓜属植物，一年生粗壮蔓生藤本；茎粗壮，圆柱状，具白色的短刚毛。叶柄粗壮，圆柱形，长15-20厘米，密被短刚毛；叶片肾形或圆肾形。雌雄同株。雄花单生，花梗长10-20厘米，有短柔毛。果梗短，圆柱状，不具棱和槽，瓜蒂不扩大或稍膨大；瓠果的形状和颜色因品种而异；种子丰满，扁压，边缘钝或多少拱起。
二、原产地不同
1、南瓜：原产墨西哥到中美洲一带，世界各地普遍栽培。明代传入中国，现南北各地广泛种植。
2、北瓜：原产于南美洲的玻利维亚、智利和阿根廷等地，已传播到世界各地，中国的笋瓜可能由印度传入。中国南、北各地普遍有栽培。中国浙北地区于20世纪90年代从日本、中国（台湾、湖南）等地引种栽培。
三、生长习性不同
1、南瓜：南瓜是喜温的短日照植物，耐旱性强，对土壤要求不严格，但以肥沃、中性或微酸性沙壤土为好。
2、北瓜：笋瓜对土壤要求不严格，以沙壤土、壤土最为适宜。
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