1、适用范围不同：
农产品进项税额核定扣除适用以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人。
计算扣除适用于其他纳税人直接从农业生产者处购进免税农产品的情形。
2、扣除率不同：
农产品进项税额核定扣除适用的扣除率是销售的产成品的税率，可以是16%，也可以是10%。
计算扣除适用于10%
3、计算的方法不同：
农产品进项税额核定扣除分为投入产出法、成本法、参照法。
投入产出法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额＝当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/(1＋扣除率)
当期农产品耗用数量＝当期销售货物数量(不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量)×农产品单耗数量
成本法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额＝当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/(1＋扣除率)
农产品耗用率＝上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
参照法
新办的试点纳税人或者试点纳税人新增产品的，试点纳税人可参照所属行业或者生产结构相近的其他试点纳税人确定农产品单耗数量或者农产品耗用率。
计算扣除
进项税额=买价×10%
参考资料来源：百度百科—农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法
