缺陷有：
一、内部审计失效
1.财务部门长期独断
2.董事会高层怠职包庇
3.审计委员会无作为
二、外部审计责任
1.对于剥离资产损失的处理未能详细调查
2.未对境外银行账户进行详细查证
3.审计师与奥林巴斯存在会计处理分歧仍给出无保留意见
三、审计环境和制度的影响
首先，代表大股东的董事会和执行董事主导的管理层牢牢掌握了公司事务的决定权，日本公司文化又使得高层间容易为利益达成长期一致协议，导致内部审计和监察人员失去事务主导权，内部控制和审计被架空，工作流于形式。
其次，注册会计师的增加产生了一定剩余，事务所之间的竞争加剧，审计费用也不断降低，使得事务所的经营变得困难，立场弱化，在审计过程中发现的细小征兆有时也很难彻底调查下去。
再次，会计准则更新的滞后，使得隐瞒造假等行为仍有机可乘，而在当时的法律规定下审计程序很难对这些行为出具否定意见。
最后，2006年6月，日本借鉴美国的《萨班斯法案》出台了本国的J—SOX（金融商品交易法），其后还发布了基于本法的内部控制报告制度，要求经营者必须对内部控制的设计和执行状况进行适当、充分的评估，充分披露交易信息，包括四半期信息披露的法定化、财务报告相关内部治理的强化、公开收购制度以及大量持股报告制度的修改和加强惩罚力度等，以完善投资者保护规则。但从奥林巴斯此次的事件来看，很多监管规定并未落到实处，例如更换审计事务所时的信息披露等，这也使得外界对大公司的财务监管操作更加困难
