通常间接的体细胞胚发生最为常见，它包括从愈伤组织发生到胚发育，到形成成熟胚，到最后形成幼苗几个不同的阶段。
在这一培养过程中重要的是采用培养基的顺序，尤其是生长调节因子的顺序，这一次序是否正确决定了胚是否发生。
对许多植物来讲，第一种培养基用来形成愈伤组织并且使愈伤组织不断形成，第二种培养基用来形成胚，第三种培养基用来使胚发育萌发形成移栽苗。在愈伤组织形成和增殖培养中加入生长素，对于诱导胚形成是非常必要的，在缺乏生长素的培养基中，组织或愈伤组织会持续形成，但是通常不会形成体细胞胚，而在富含生长素的培养基中，愈伤组织会持续形成，并且还会诱导形成丛生胚。
但体细胞胚的发育通常要在生长素含量很低或完全没有生长素的成胚培养基上完成，即只有将胚胎形成块转移到低激素浓度甚至无激素的培养基上时，才能发育成为一个成熟的胚。对于多种植物来说，体细胞胚的形成和成熟都发生在初级培养基（愈伤诱导）上，而转移到次级培养基（胚胎发育）上是为了让它们长成植株。培养基中氮源的形态也会显著影响离体条件下的胚胎发生。
还原态氮尤以NHsuperscript+superscriptsubscript4subscript对于胚胎发生最有效，水解酪蛋白、谷氨酰胺和丙氨酸也可作为可靠的替代品。有些植物的任何部位都可以作为外植体形成胚状体（如胡萝卜），但是有些植物只有某些部位才能培养成功。已经证明，花器官或繁殖组织是胚状体形成的合适材料。外植体的取材季节及其生理状态对于胚状体的形成也同样重要。幼龄状态的组织比老龄状态的组织更易于诱导产生体细胞胚，一旦产生了胚状体，则易于再发生次级和多级的胚状体。利用胚状体进行无性系的大量繁殖具有极大的潜力，因为其繁殖系数高、成功快、结构完整、不存在嵌合现象。
