种子萌发过程中有以下六个生理生化变化：
（一）种子吸水
种子的吸水分为三个阶段：“快—慢—快”（急剧吸水阶段—吸胀性吸水；吸水停顿阶段；胚根出现，大量吸水阶段—渗透性吸水）。
（二）呼吸作用的变化
在吸水的第一和第二阶段，CO2的产生大大超过O2的消耗—无氧呼吸；吸水的第三阶段，O2的消耗大于CO2的释放—有氧呼吸。
（三）酶的变化
1、酶原的活化：种子吸胀后立即出现，如：β-淀粉酶。
2、重新合成：如α-淀粉酶
两种途径：
（1）活化长寿的mRNA→新蛋白质→新酶
（2）新合成的mRNA→新蛋白质→新酶
（四）贮藏物质的动员
淀粉经水解或磷酸解为葡萄糖。
（五）含磷化合物的变化
种子中最多的贮磷物质是肌醇六磷酸(又称植酸或非丁)。种子萌发时，植酸盐水解为肌醇和磷酸。
（六）植物激素的变化
ABA（脱落酸）等抑制剂下降，IAA（生长素）、GA（赤霉素）、CTK（细胞分裂素）含量上升。
