微生物肥料是含有特定微生物活体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境（NY/T 1113-2006 微生物肥料术语）。
根据现行标准，微生物肥料主要分为两大类，分别是微生物菌剂（简称菌剂）和微生物肥料类（简称菌肥），其中微生物菌剂根据内含的微生物种类或功能特性分为以下9个品种：根瘤菌菌剂（NY 410-2000根瘤菌肥料）、固氮菌菌剂（NY 411-2000 固氮菌肥料）、解磷类微生物菌剂（NY 412-2000 磷细菌肥料）、硅酸盐微生物菌剂（NY 413-2000硅酸盐细菌肥料）、光合细菌菌剂（NY 527-2002光合细菌菌剂）、有机物料腐熟剂（NY 609-2002有机物料腐熟剂）、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂（GB 20287-2006农用微生物菌剂）；微生物肥料类包括生物有机肥（菌+有机质/肥）（NY 884-2012生物有机肥）和复合微生物肥料（菌+有机质/肥+无机养分）（NY/T 798-2015 复合微生物肥料）。
