微生物肥料本身一般并不含有作物生长所需要的营养元素，而是通过微生物的生命活动，改善作物营养条件，如固定空气中的氮素，参与养分的转化，促进作物对养分的吸收，分泌各种激素刺激作物根系发育，抑制有害微生物的活动等，以达到促进作物生长的目的。
微生物肥料的种类很多，按其制品中特定的微生物种类分为细菌肥料、放线菌肥料（如抗生菌类）、真菌类肥料（如菌根真菌类）、固氮蓝藻肥料等。根据其作用不同，微生物肥料可分为五大类：
（1）有固氮作用的菌肥，包括根瘤菌肥料、固氮菌肥料以及固氮蓝藻肥料等。
（2）分解土壤有机物的菌肥，包括有机磷细菌肥料和复合细菌肥料。
（3）分解土壤中难溶性矿物的菌肥，包括硅酸盐细菌肥料、无机磷细菌肥料等。
（4）促进作物对土壤养分利用的菌肥，包括菌根菌肥料等。
（5）抗病及刺激作物生长的菌肥，包括抗生菌肥、增产菌肥等。
