一、区别
1、前身不同
中统的前身是1928年由CC系分子所组成的国民党中央组织部党务调查科。
军统的前身是复兴社核心组织“力行社”设立一个专门进行谍报活动的特务处。
2、分工不同
中统的作战对象除了中共，还包括汪伪等蒋介石的敌对政治力量。
而军统在抗日战争前主要进行对日情报战和暗杀活动，抗日战争后转为对付共产党。
3、人员分布不同
中统局人员分工大致有四种：一是调查工作人员（简称调工）；二是特种情报工作人员简称特情人员；三是党员调查网（简称cc党网，又称党员通讯网），是在中国国民党党内进行防共和监视其内部人员的监察人员；四是通讯员，是中统局在各机关、学校、企业内部发展的工作人员。
而军统局内勤组织分为八处、六室、一所。基本组织是“组”及直属情报员，特工人员分布到国民党的军队、警察、行政机关以及交通运输等各个部门。
二、职责
1、中统的职责：
中统以各级国民党党部为活动基地，在省市党部设调查统计室，在省以下党部设专人负责“调查统计”，在文化团体和大专院校、重点中学广泛建立了“党员调查网”，进行各种反革命特务破坏活动。
国民党政府败退台湾后，于1954年10月改组为司法行政部调查局。现为“法务部”辖下的“调查局”，职权重点是维护“台湾安全”和打击社会重大犯罪活动。除接受“国安局”委托的“政治侦防”业务外，还要负责查贿、缉毒、防止重大经济犯罪等。
2、军统的职责：
军统除负责刺探情报，进行反谍工作外，还需要通过刺杀等手段执行情报任务。抗战期间军统局曾多次刺杀投日的军政人员。
隶属军统的各个“游击司令部”和“交通警察大队”则深入日寇占领区开展广泛的游击战，对打击日寇和汉奸，起了不小的作用。
而解放战争期间，军统主要对付共产党，如在11月27日对关押在渣滓洞、白公馆等地的革命志士进行了惨绝人寰的集体大屠杀，200多位革命志士倒在了胜利的黎明之前。
三、负责人
1、中统的负责人有陈立夫、张厉生、朱家骅、徐恩曾、叶秀峰、顾建中，邹学峻等。
2、军统的负责人有戴笠、毛人凤。
参考资料来源：百度百科--中国国民党中央执行委员会调查统计局（中统）
参考资料来源：百度百科--国民政府军事委员会调查统计局（军统）
