1、主管上级单位不同。
蒋介石并非一直担任国民党政府的党政一把手，抗战期间国民政府主席是林森，但有一个职务始终由蒋介石担任，就是“军事委员会委员长”，换言之，蒋是以控制军权来控制党务和政府，直到解放战争开始后才出任“国民党总裁”和“中华民国总统”。
所以，军统直接隶属于军事委员会，是军队编制，工作人员为现役军人，有军装有军衔。
而中统由国民党中央党部管理，实际掌权人是陈果夫和陈立夫，中统是党务机构，没有军衔，常见的制服是中山装。
2、职责和分工不同。
军统是蒋介石用来监视、控制军队的部门，抗日战争爆发后兼有谍战、反特和敌后武装等工作范畴；
中统仅限于党务调查、舆论控制和党政机关的思想监控，不能插手军事任务和军队事务，这是蒋介石划的红线，避免中统权力过大。戴笠至死不加入国民党，其实也有这方面的考虑，不想因为党员身份接受中央党部的领导，那样对军统与中统的斗争非常不利。
3.领导人的派系不同。
以抗日战争期间为准，中统局局长是国民党中央党部秘书长朱家骅、副局长徐恩曾，都是二陈的cc系要员；
军统局长是国民政府办公厅主任贺耀祖中将、副局长戴笠少将，再加主任秘书郑介民等人，实际上是黄埔系，自然蒋介石更信任和偏爱军统一些。
4.组织成员成份不同。
中统从其前身“党务调查科”开始，人员骨干一直是文化程度较高的，象徐恩曾就是清华大学毕业，物以类聚，选用的工作人员也是知识分子较多，所以通常中统的逻辑能力、分化劝降能力和潜入我方能力较强；
军统则一般招纳黄埔毕业生和军队中表现优秀的军士，军事素质和行动能力较强。
5、控制的势力范围不同。
中统在各省各大城市的政府、党部和警察局中，具有最大化的控制力，蒋介石也有意不许军统染指，以免戴笠失控；
而军统在野战部队、各地警备司令部和军事机构中有绝对优势，这些也是中统禁区。
