公元前10000年，苏格兰开始有人类居住，第一批居民从爱尔兰、英国或者北海（当时还不是海）而来。苏格兰当时被浓密的森林覆盖，其中又有很多湖泊河流，所以当时的苏格兰居民只能在沿海一带定居并以打猎为生。
到了新石器时代，随着制造工具技术的发展，苏格兰人开始向森林发起长期而持久的进攻，并最终将人类的足迹一点一点的延伸到了苏格兰内陆。有了土地和更大的生存空间，苏格兰史前居民的生活也和世界上其它地方的居民一样开始转型，谋生手段从单一的打猎变成了半游牧式，农业也开始逐渐变得重要。由于苏格兰地广人稀，苏格兰人并不需要太高级的农业技术就足够填饱肚子，所以苏格兰的农业发展十分缓慢。
公元前2000年，青铜术传到了苏格兰。炼制青铜需要锡和铜，苏格兰虽然铜矿很丰富，但几乎没有锡。同时，在英格兰的康沃尔，锡矿已经得到了开采。对锡的需求，使得苏格兰人开始增加跟英格兰人的接触和贸易。
公元前1000年，起源于中欧的凯尔特文明，逐渐影响到了苏格兰。至于凯尔特文化是如何传到苏格兰的尚无定论，一种观点是，凯尔特人入侵苏格兰，并凭借当时最先进的炼铁术，征服并统治了苏格兰；另外的一些人认为，凯尔特文化是通过贸易等接触逐渐渗透到苏格兰的。不管怎样，从此苏格兰成了凯尔特文明的一个分支，仍被认为是6个现存的凯尔特国家之一。苏格兰的传统文化大多起源于凯尔特文化。 公元前一世纪，强大的罗马帝国开始入侵不列颠岛，并成功征服了英格兰人。苏格兰人虽然武器落后，跟罗马帝国的军队比起来简直就是一帮原始人，但凭借苏格兰复杂的地形和苏格兰人骁勇善战的传统，还是没有轻易的被罗马军队征服。虽然最终罗马帝国的军队成功消灭了当时苏格兰的主要王国的军队，但罗马帝国的指挥官仍然决定不占领苏格兰，而是在苏格兰和英格兰的边界上修一条长城，这就是哈德良长城。
罗马帝国的入侵，给大不列颠岛带来了先进的文明，包括文字。所以罗马入侵正是大不列颠岛的文字历史的开端。
后来罗马帝国分崩离析，军队也从大不列颠岛撤走。这引起了一段权利的真空，趁这个机会，一支从爱尔兰来的同样属于凯尔特文化的部落到了苏格兰并定居下来（奇怪的是这些人被称为Skots）；北欧的维京人开始入侵，占据了沿海一些小岛，并建立了自己的王国。直到苏格兰北部海边的一些地方，那里的人像北欧人多过苏格兰人，文化传统也相当北欧化。
至此，苏格兰存在三股相对稳定的势力，被称为 Picts 的本来的苏格兰居民，后来的 Skots 以及维京人。 西罗马帝国崩溃后，罗马势力从大不列颠岛撤出，控制力量的真空引起西北欧其它势力的兴趣。维京文明盛世时期，现今挪威地区的诺斯人（Norse）经常对苏格兰沿海进行跨海侵略，并最终长期占据了今天的设德兰群岛和奥克尼群岛。
传说中的国王肯尼思一世征服了周围的地区的皮克特人，建立了第一个真正的苏格兰王国，盖尔语称阿尔巴，时间大约在公元九世纪上半叶。
1034年，邓肯一世（Donnchad I）继承阿尔巴王国时，其领土基本已包括了今天苏格兰在大不列颠岛上的范围。此后，在这次继承中未能得势的麦克白（Macbeth）起兵反抗邓肯并获胜，夺得王位。不过，邓肯的儿子马尔康姆三世（Máel Coluim III）在十余年后复仇成功，重新夺回王权。莎士比亚的剧作麦克白将这一系列事件彻底戏剧化，是四大悲剧之一。 1066年，征服者威廉率领的军队入侵英格兰，击败了英格兰原有的势力。原势力的继承人之一逃亡到苏格兰，并将妹妹嫁给了国王马尔康姆。这一行为激怒了征服者威廉，他的军队在1072年入侵苏格兰，势如破竹。马尔康姆被迫投降，宣布苏格兰王国的臣服，并送儿子邓肯到英格兰为人质。
1098年，马尔康姆死后，他的弟弟继位，而英格兰王国却支持已经做了几十年人质的邓肯继承王位。邓肯夺权后仅几个月，就被谋杀。此后几个世纪，苏格兰王位争分不断，英格兰王国则往往根据自己利益，借机公开或暗中影响继承问题。而两个王室家族的血缘关系也随着婚姻逐渐建立。嫁入苏格兰王室的英格兰王族逐渐将欧洲贵族文化等传教到了苏格兰。 罗伯特·布鲁斯英格兰国王爱德华一世尤其在意对于苏格兰的直接和间接控制，通过不同手段削减苏格兰王权和其影响力。1295年，苏格兰国王与法国签订了盟约，史称“老同盟”（Auld Alliance）。爱德华一世于次年起兵进攻苏格兰，推翻了当时的国王，并将苏格兰国王加冕时必须的命运之石夺走，送回西敏寺。但是此后苏格兰著名民族英雄威廉·华莱士聚集民众，在斯特灵桥击败了英格兰大军。1298年，爱德华一世亲征，最终彻底粉碎了苏格兰的抵抗。苏格兰几乎成为英格兰王国领土的一部分。
1307年，爱德华一世去世。苏格兰贵族和原王位继承人之一的罗伯特·布鲁斯加大了反抗独立运动的力度，并被地方势力认可为苏格兰的新国王。1314年，布鲁斯在班诺克本大败英格兰军队，取得实际上的独立。1320年，苏格兰的地位获得罗马教皇的认可。1328年，爱德华一世之孙爱德华三世签订协约，承认苏格兰是独立国家，并许诺妹妹与罗伯特·布鲁斯的四岁的幼子大卫联姻。第一次独立战争结束。 1329年，仅过了一年，罗伯特·布鲁斯去世，其子大卫二世继位，年仅5岁。英格兰又以继承权纠纷为由，支持试图夺取王权的傀儡人物爱德华·巴里奥，于1332年再次进攻苏格兰，开始第二次独立战争。英格兰军队攻占领苏格兰许多城镇，并将其中的八个郡通过新拥立的傀儡国王的名义正式转让给英格兰。1334年，10岁的苏格兰国王大卫二世与12岁的王后（爱德华三世的幼女）到法国避难。苏格兰又一次处在被彻底征服的边缘。
然而，苏格兰当地贵族始终没有放弃抵抗。1337年，英格兰与法国长期的纷争终于升级为战争。爱德华三世不得不从苏格兰调回主力军队，对于苏格兰的控制逐渐减弱。1341年，17岁的大卫二世返回苏格兰，正式领导独立战争，国内士气大振，兼之与法国同盟，取得了不小成绩。
1346年，大卫二世率大军入侵英格兰北部，在英格兰后方声援法国的行动。不过苏格兰军队此次在内维尔十字之战中遭遇惨败，大卫二世被俘虏后押送到英格兰关押。但是英格兰也无力再大举入侵苏格兰，其拥立的傀儡王巴里奥不久宣布放弃继承王位的要求，回到英格兰隐居。
1357年，双方签订和约，大卫二世被释放回到苏格兰，但是苏格兰必须向英格兰支付高额赎金，分期偿还。 1371年，大卫二世去世，无子嗣。其父罗伯特·布鲁斯的外孙罗伯特·斯图亚特继位，称罗伯特二世，开始了斯图亚特王朝。
斯图亚特各任君主在位期间试图巩固王权，削弱过去百余年间经常掌握朝政摄政贵族的权利。不过最主要的是这个王朝奠定了一个比较稳定的王室家族，之后几代君主都是父子直系传承，基本改变了苏格兰之前数百年继位混乱的局面。
公元15世纪和16世纪初，经历了数百年外国侵略后的苏格兰在各方面都有巨大发展。苏格兰从丹麦王国获得了奥克尼和设德兰群岛的主权，最终确立了迄今为止的疆界。文化教育上，苏格兰建立了四所古大学，在数量上一度超越了英格兰。
和英格兰的关系也很微妙，双方虽然心存敌意，但是出于利益又不得不互相约束，更加在王室和贵族间通过婚姻加强联系和影响。其中最重要的一次联姻是詹姆斯四世迎娶了英格兰都铎王朝的第一代国王亨利七世之女，此后斯图亚特王朝的后裔也同时有都铎王朝的血统。
1513年，詹姆斯四世为了遵守两百多年前与法国建立的“老同盟”，同意入侵英格兰北方，帮助法国在欧洲大陆与英格兰的战事。苏格兰军队在英格兰境内遭遇惨败，全军覆灭，詹姆斯四世丧生，其子詹姆斯五世继位，年仅1岁。国家的实际控制权又落入摄政大臣之手。 詹姆斯五世继承父亲遗志，继续亲和法国与英格兰为敌，虽然他先后两任妻子都是法国王亲贵族，但是有几个私生子。詹姆斯五世唯一的合法继承人却是在他临终前几天出生的女儿玛丽。詹姆斯五世在病中听到王后生的是个女儿是曾经说过一句非常出名的话：“因女孩而来，由女孩而去。”指斯图亚特氏的王位来自罗伯特·布鲁斯的女儿，却也要由他的独女而送给他人。
1542年，出世六天的玛丽一世继位。英格兰国王亨利八世决心让自己的幼子将来迎娶玛丽一世，从而名正言顺的获得苏格兰王位。但是玛丽一世的母亲却在其年幼之时就将她送回自己的故乡法国抚养。1558年，15岁的玛丽一世嫁给了法国当时的王太子。一年后，她的丈夫弗朗索瓦二世登基，玛丽一世同时成为法国王后。但是次年，弗朗索瓦二世便去世。苏格兰与法国之间两百五十多年的“老同盟”关系也基本到此结束。
1561年，18岁寡居的玛丽一世回到苏格兰开始履行女王的权责。由于玛丽一世是虔诚的天主教徒，刚刚即位为英格兰女王的伊丽莎白一世视她为重大威胁。因为伊丽莎白一世的政权信奉新教，而英格兰国内有大量天主教的支持者。同时玛丽一世由于其祖母的关系，也是伊丽莎白一世的表侄女，有继承都铎王朝王位的资格。伊丽莎白一世多次想为玛丽一世指定一个合适的丈夫缓解这种危机，但是都被玛丽一世拒绝。1565年，玛丽一世与同属斯图亚特王族的堂弟结婚，并很快生下一子，即将来的詹姆斯六世。
玛丽一世在不久后的内乱中被苏格兰贵族推翻，几次试图复辟无果后，她不得以逃亡到英格兰。英格兰女王伊丽莎白一世因惧怕玛丽一世在天主教徒中的号召力和她对自己王位的继承资格，将其拘禁了18年多。1587年，玛丽一世最终被处决。但是由于“童贞女王”伊丽莎白一世无后，玛丽一世的长子、已经继位苏格兰国王的詹姆斯六世也是英格兰王位的第一继承人选。玛丽一世在被囚禁期间曾穿的衣服上写着：“我的末日正是我的开始”，指她的儿子终将继承英格兰王位。 1603年，伊丽莎白一世逝世，指定继承人正是苏格兰在位国王詹姆斯六世。英格兰王国与苏格兰王国从此形成共主联邦（Union of Crown），虽然仍然是两个独立国家，但是元首和最高权力的掌控却是同一个人。不过当时还没有联合王国的形式或者名称。
1625年，詹姆斯六世之子查理一世继位。不过英格兰要求政体改革的愿望已经很强烈，不久之后英国内战爆发，苏格兰各势力也积极参与其中。查理一世成为苏格兰各代君主中唯一一个被处决的国王。 光荣革命之后，英格兰和苏格兰的王位继承曾经出现再度分化的可能。为了从此确立两个地区的关系，君主立宪制下的英格兰议会与苏格兰的议会达成协议，两个国家的议会正式合并，两个国家去除独立称号，改称大不列颠联合王国。两国公民享有共同国籍，商贸自由流通。这次合并在苏格兰争议极大，所以能最终实现的主要推动力是英格兰当时越来越强大的经济实力。持续了八百多年的苏格兰王国从此消失，但已经是大不列颠群岛至今为止存在时间最长的政权。
