核潜艇大，而且一般是有战略意义的，而常规潜艇一般是战术意义
发射的东西不同，核潜艇一般发射像核导弹这样的战略导弹
要求潜水的深度不同，核潜艇一般要求要潜得很深，而常规潜艇不要
动力装置不同
成本核潜艇大
从技术含量和制造难度上说，两者不在一个量级上。前文提到观察系统、通讯系统、导航系统、武器系统、机电系统是潜艇的五大组成部分，其他四大系统都差不多，两者的最主要区别就在机电系统。前文提到核潜艇机电系统是分为反应堆系统、二回路系统、电气系统、舱段系统、空调系统。常规潜艇没有反应堆系统和二回路系统，电力系统没有汽轮发电机，配电盘和用电设备要少很多，但柴油发电机组比核潜艇的功率要大，蓄电池也要多很多。另外，由于在保证艇的安全的同时还要保证反应堆的安全，辐射防护也是要考虑的因素，所以核潜艇的机电系统所用设备的可靠性指标在同类产品中通常是最高的，重要设备均要采用冗余设计。当然这还不是最主要的问题，关键区别在反应堆。常规潜艇本质上就是一艘能潜水的柴油动力驱逐舰。核潜艇就不同了，世界上能生产反应堆的国家就没几个，再把反应堆小型化并装到船上就更不容易了。只有五大国成功制造了核潜艇，日本和德国曾制造过核动力货船。一般认为小日本有能力建造核潜艇，而且很可能正在进行潜艇用反应堆的陆上试验堆的建造。相信在不久的将来，小鬼子将会先后拥有“三大件”——核弹、战略导弹、核潜艇，这对中国及世界和平大大的不利。
俗话说，好货不便宜，核潜艇作为舰船中的极品，其价格实在不是一般的国家所能接受，比如“海狼”的单价为24亿美元，相当于10艘“基洛”，战略核潜艇上携带有战略导弹及弹头，价格则要翻一番以上，这还仅仅是采购费用，其维修及配套设施建设费用，要数倍于此。一艘核潜艇沉没，经济上相当于损失十几艘常规潜艇，政治影响无法估量，如果是战略核潜艇，则直接影响到国家安全的基础。
核潜艇是如此的复杂和昂贵，而它的战斗力也是无与伦比的（战略核潜艇不讨论，除前苏联第一代战略核潜艇ZV和G级以外，再未出现常规战略潜艇）。当今在役和在研的常规潜艇，不论采用“斯特林”发动机，还是燃料电池，亦或自闭循环柴油机，其水下最长滞留时间不过一星期，这还是理想情况，如果遇到需要高航速，比如摆脱反潜机搜索，能在水下待三、四天就算很了不起了。而核潜艇只要不是机械设备原因，可以连续在水下高速航行一个月，最大水下滞留时间达三个月（主要考虑人员承受能力的极限一般在三个月）。
有些网友认为常规潜艇较安静，隐蔽性也好。相比较核潜艇，常规潜艇体积小，设备少，采用电机推进时噪音远比核潜艇低，隐蔽性当然好。但是常规潜艇需要不时浮至通气管深度使用柴油机给电池充电，充电时间往往长达数小时，而柴油机的噪音通过通气管可传至数十海里以外，从这方面看，核潜艇的隐蔽性要强与常规潜艇。
所以，就单艇来说，核潜艇超过常规艇。但是如果用采购一艘核潜艇的资金采购十艘常规潜艇，其所能达到的效能，就很难评定了
