两者区别如下：
1、包含范围不同
施工组织设计包括的内容广阔一些，它是针对一个建筑的全部计划及安全和质量实施预案，例如要新建一个工业区内的5栋厂房。
专项施工方案是对某个施工单项进行的特殊施工方案，例如：土方开挖深度超过7米需要做专项施工方案。
2、侧重点不同：
专项施工方案觉重特殊的结构安全和施工安全要求而编写，还有就是针对一些特殊的施工环境和施工工艺、设备安装的工艺而需要编写。
3、指导意义不同
专项施工方案指导书更加具有指导意义，相当于作业指导书，更加具有可操作性。
参考资料来源：百度百科-施工组织设计
