马普的前身是成立于1911年的当时德国最高学术机构威廉皇帝学会（Kaiser-Wilhelm-Gesellschaft）。当时的德国皇帝威廉二世相信科学技术的兴起能够增强国家的实力，因此以自己的名字建立了威廉皇帝学会，以增强德国的科研力量。
威廉皇帝学会走出众多世界著名大科学家，例如：爱因斯坦 （1921年诺贝尔物理奖），瓦尔特·博特（Walther Bothe，1954年诺贝尔物理奖），彼得·德拜（Peter Debye，1936年诺贝尔化学奖），弗里茨·哈伯（Fritz Haber，1918年诺贝尔化学奖），维尔纳·海森堡（Werner Heisenberg，1932年诺贝尔物理奖）等，每一个都具有极高的声望。
1933年纳粹上台后，极为重视科学技术的发展，因此，威廉皇帝学会获得了“数额巨大的财政援助”。虽然后期有很多犹太裔科学家遭到迫害，但是，学会的研究项目一直持续进行。1945年5月，枪声寂静下来，第二次世界大战结束，德国战败投降，百废待兴。包括威廉皇帝学会在内的一些德国精英科学机构遭到严重破坏，人员流失严重。威廉皇帝学会失去了在柏林的办公地点，总部搬到了位于美英占领区的哥廷根。当时占领德国的美军军队总司令Lucius Clay认为威廉皇帝学会这样一个与纳粹联系紧密的机构，将会对和平产生威胁，因此认为该学会必须解散。甚至同盟国委员会也同意签署法案解散威廉皇帝学会。但是，这一决议遭到英国占领当局的反对。他们认为，德国的诺贝尔奖获得者们并没有受到纳粹的政治污染，依然倡导威廉皇帝学会的精神，在世界科学界中扮演着卓越的角色。德国人也希望保留威廉皇帝学会以防止人才流失。最后，经过多方协调商讨达成协议，决定保留威廉皇帝学会，但是该学会必须摒弃旧的名称，因为旧的名称很容易使人联想到德国对战争的狂热和称霸世界的野心。马普的诞生就此拉开帷幕。 谈到马普的诞生就不得不提及“马普之父”德国物理学家马克斯·普朗克（Max Planck，1858~1947年)， 1918年因发现能量量子而获得诺贝尔物理学奖。作为威廉皇帝学会的主席，普朗克在1933年纳粹上台时曾表示学会愿意投入到帝国的“纯净”研究中。但是，后来国家权力被滥用，普朗克目睹了许多犹太人朋友和同事们被驱逐出他们的工作岗位，甚至遭到迫害，他开始渐渐地放弃了自己的立场。但是，普朗克依然坚持“坚持到底，继续工作”，并成功说服了部分正在考虑移民国外的科学家们留在了德国。普朗克还竭尽全力，使得一些犹太人科学家能够在一段时间内在威廉皇帝学会的研究所内继续工作。后来，政治环境越来越恶劣，1937年，普朗克发表著名演讲“宗教和自然科学”。
1938年底，纳粹宣布将威廉皇帝学会所有人员的社会、政治和私人生活相统一，普朗克辞职以表示抗议。虽然已经80岁，普朗克还是冒着战乱前往各地演讲。二战时，普朗克在柏林的家毁于空袭，他被迫离开柏林四处漂泊，但是他仍然心怀希望，坚持要“渡过危机，一直活到重新开始的那天”。二战结束后，普朗克所在区域恰巧由前苏联控制，当时占领当局指派的威廉皇帝学会负责人英国化学家Berky Blount决定将这位著名的诺贝尔奖获得者带到西方占领区。1945年5月16日，87岁高龄的普朗克来到哥廷根。两个月后，威廉皇帝学会在哥廷根得到重建，普朗克担任临时委员会主席。普朗克同意为威廉皇帝学会找一个能体现其真正的科研价值和员工理念的名称，他坚信新成立的研究机构将是德国基础研究的新开始。1946年，为纪念普朗克的杰出贡献，威廉皇帝学会正式更名为“马克斯·普朗克科学促进协会”，由从英国获释回国的德国物理学家奥托·哈恩出任主席。
1948年，原威廉皇家学会院部的空气动力学实验装置（AVA）成为现代马普的摇篮。早在1933年，纳粹的大量财政支持使得AVA发展成为一个庞大的研究设施，而在二战的最后一年，威廉皇帝学会的4个研究所以及管理机构迁到哥廷根，AVA为他们提供了避难场所。当时，在英美占领区的威廉皇帝学院的29个研究所融合成新的马普。到1949年秋天法国占领区的5个研究所也加入了进来。最初的几年，马普的研究活动遵循两个原则：关注基础研究，远离政治和企业。 如今，马普作为德国最为成功的研究机构，培养出众多优秀科学家，并跻身于世界一流研究机构之列。每年，在国际著名学术期刊上发表大约15000篇文章见证了马普卓越的科研成果。
马普前任主席Peter Gruss教授指出，在瞬息万变的世界，科学扮演着无可替代的角色，如果要响应全球化的号召，解决人类所面对的困难，我们就必须增加自己的知识储备。一些基础问题应当得到解决：如何提高地震及其他环境灾害预报的准确性？如何抵御疾病的袭击？如何保护赖以生存的地球？而这些基础问题与人类生活息息相关。“在当今以劳动力分工为基础的社会中，基础研究是新知识的源泉，它不仅为理解世界铺平了道路，促进了文化体系的建立，也为利用合理策略控制日益增长的复杂系统建立了先决条件。因此，无论何时，马普必须重视基础研究的发展。”Gruss说。事实上，马普也是这么做的。
马普的首要目标便是推动科研的发展。截止2011年1月1日，马普下设了80个研究所和研究实验室，其中，4个研究所和1个研究实验室建立在德国本土之外，其余则主要分布在德国各个城市，涵盖了几乎所有的基础科学研究领域。马普拥有近16873名雇员，其中包括5222位科学家，另外还有4641名学生和访问学者在马普的各个研究所学习和工作。现在马普主要从事三个领域的研究：生物学和医学、物理化学技术、人文科学。
马普的理念认为，虽然没有人能预测未来，但是人们可以塑造未来，而要完成这项使命必须要有新的认识和创新。通过一系列顶尖的国际性研究，让知识和创新成为推动经济社会发展的强大力量。
