同一城市设立的独立核算的分公司按以下方法预缴所得税:
1、在中国境内跨省、自治区、直辖市（以下统称“省”）设立具有生产经营职能分支机构的企业，应按照关于企业所得税预缴的新规定，其分支机构应就地预缴企业所得税。
2、但总机构及其分支机构均在同一省、自治区、直辖市（以下统称“省”） 的，分支机构暂不就地预缴企业所得税，由总机构统一计算，汇总缴纳。
3、省内省外均有分支机构的，由总机构按照经营收入、工资总额、资产总额计算各分支机构应分摊的比例，将本期应纳所得税额的50%在各分支机构之间进行分摊。
4、省内分支机构分摊的所得税额由总机构统一向其所在地主管税务机关汇总缴纳，省外分支机构就其分摊的所得税额向其所在地主管税务机关申报预缴。
5、总机构设立的具有独立生产经营职能的部门，如果该部门的经营收入、职工工资和资产总 额与其他一般管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。
扩展资料
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》
第三条 企业实行"统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库"的企业所得税征收管理办法。
第四条 统一计算，是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额。
第五条 分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。
第六条 就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。
第七条 汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。
第八条 财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方金库。
第九条 总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税。
二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
第十条 总机构设立具有独立生产经营职能部门，且具有独立生产经营职能部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。
具有独立生产经营职能部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。
第十一条 不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
第十二条 上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
第十三条 新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。
第十四条 撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。
第十五条 企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。
