如果是在同一个区域的分公司，不需要独立核算，并入总公司核算即可。发票一般也就开据总公司的名称即可。
但是如果是跨省的分公司，需要分开来核算，发票抬头必须为分公司。
分公司在管理上是二级法人，即没有独立的法人资格。但是在税法上是必须分开来的。
在总公司所在的主管税务局做分配表，每季度交到各个分公司所在地税务局。
分公司和总公司在账务上必须全部分开来做。
所有的发票都是分公司的抬头，科目设置与总公司一致。只是没有实收资本。由总公司拨来的资金，做贷：其他应付款。
所有的总分公司有联系的是在企业所得税汇算清缴时。需要在总公司汇算清缴后，出具分配单，再去分公司进行汇算清缴。分公司第一年不参与分配，第二年参与分配。
如果不是同一城市,那么分支机构则需要就地预缴企业所得税的,需要总机构先在其当地税局定出分配比例,然后交由分支机构在当地备案,按其分配表交缴税金.
会计分录：
借：所得税费用
贷:应交税费——企业所得税
缴纳时：
借：应交税费——企业所得税
贷：银行存款
