应该注意几个问题：
购买工程抵账房要看所购房屋的权利状态，如果所购房屋已经通过房产抵押登记抵押给某个公司，那么就需要等到这套房屋的权利状态属于净产，这样才能付款购房。
购买工程抵账房买房者不管和开发商签订两方合同，还是和拖欠工程款的材料商(建造施工单位)签订三方合同，都应明确卖房者是开发商，开发商同样应承担普通商品房买卖合同中的义务。因为这种方式购买和普通房屋买卖是没有什么区别的，不仅可以减少办理过户一些费用，而且还有利于解决房屋买卖纠纷，同时这样更能保护好买房者的权益。
如工程抵账房已经被抵押，要抵押撤销时才能购买，其次在签订购房合同时要注意其是否存在陷阱。
