影响中国--东盟区域合作的政治问题。中国--东盟自贸区的构想是中国与东盟国家领导人在双方领导人会议上提出的，这表示该贸易区从提上日程的那一刻起就带有一定的政治色彩。中国和东盟双方最大的贸易伙伴不是彼此，而是欧盟、美国和日本。换句话说，中国和东盟的双边贸易在各自的贸易领域中都不具有主导优势。中国、东盟的发展在很大程度上都依靠发达经济体的市场而不是彼此，为了促进各自经济的发展，双方在吸引外部的资金上必然存在着不可避免的竞争。而中国经济和贸易的飞快发展，使东盟担心在国际市场上丢失掉自己本身在劳动密集型产品的份额。所以怎样使政治利益和经济利益更均衡是中国与东盟在长远的经济合作中需要考虑和解决的一个重要问题。
影响中国--东盟区域合作的其他问题：良好的基础建设是合作的基本条件。以交通为例，广西毗邻东南亚，西与越南交界，南以1595公里的海岸线与菲律宾、新加坡、马来西亚、文莱、印度尼西亚等国隔海相望，是中国唯一一个与东南亚水陆相接的省份，需要陆运和海运。我国云南紧邻东盟国家中的缅甸、越南和老挝，而我国与这些国家进行贸易往来时，就必须通过这几个国家。但很显然，这些国家和中国西南地区的交通建设还不完善，有待于提高。而从中国—东盟贸易区的长期发展来看，中国和东盟的交通条件还需要尽快的改善和加强。
中国与东盟在文化上也存在很大的差异。就东盟而言，泰国、缅甸、老挝和柬埔寨四个国家以佛教为主；马来西亚、文莱和印度尼西亚主要信奉伊斯兰教，印度尼西亚更是世界上拥有最多伊斯兰教人口的国家；菲律宾是一信仰天主教的国家；而儒家文化则在越南和新加坡占主要地位。中国则是个多宗教的国家，尊重宗教信仰自由。不同文化背景的群体在对问题的思考和理解方式上也存在非常大的差异。
