一是自然原因。我国幅员辽阔，地区间自然条件迥异，决定了不同地区发展存在"先天性"差异。比如，东部地区以平原为主，气候宜人，土壤肥沃，交通便利，占据先天发展优势；西部地区多为山地丘陵和戈壁沙漠，气候干燥，生态恶化，交通闭塞，与外界的信息交流及贸易往来受到限制，经济社会发展不利因素多。
二是历史原因。数千年来我国就一直存在发展差距，国家的经济重心处在不断变迁中。中原地区很长时间是全国的经济中心，唐代以后特别是北宋以后，经济中心逐步向长江中下游和东南沿海地区转移。新中国成立初期，全国70%以上的工业和交通运输设施主要集中在占全国面积不到12%的东部沿海地带。虽然国家在"一五"计划、"三线"建设时期加大了对中西部地区的投入和扶持，但总体不平衡状况没有从根本上发生改变。改革开放以来，纵向比较，各个地区都有很大发展；横向比较，地区差距在拉大。
三是政策原因。我国发展不平衡的一些问题，也与一定时期内实施的具体政策有关。比如，改革开放后，根据我国国情和经济发展的需要，我们实施了非均衡发展战略，采取积极促进东部沿海率先发展、率先开放的政策，在、财税和金融等方面对东部地区进行倾斜。这些政策给东部沿海地区经济发展注入了巨大的活力，带动了整个国家的发展，但客观上也拉大了东部与中西部发展的差距。
四是体制原因。从实际情况来看，我国发展不平衡问题还有体制的因素。比如，计划经济时代不尽合理的价格体制对城乡、区域差距扩大有明显影响，国家为积累工业化所需资金，长期维持了能源原材料产品和农产品的低价格，使中西部和农村发展受到抑制。又比如，在社会主义市场经济条件下，由于观念、资金和管理等的差异，市场竞争会造成不同市场主体的优胜劣汰，从而出现强者愈强、弱者愈弱的"马太效应"，也会扩大不同地区和同一地区不同主体间的差距。
