苏联解体前，多数的图160布置在乌克兰境内。据报道，乌克兰从1999年底开始将8架图160交给俄罗斯，用于抵偿欠俄罗斯的外债，另外附带3架图-95MC战略轰炸机和相关地面设施，还有575枚巡航导弹。最后两架图160于2000年抵达俄罗斯。另外俄罗斯还在缓慢的生产新的图160轰炸机，其中第一架已在2000年5月服役。
2003年9月18日，在俄罗斯萨拉托夫地区恩格斯空军基地附近，发生了一架图160坠毁的严重事故，4名机组人员全部丧生。事后俄罗斯停飞了所有图-160。俄空军称，引起事故的原因是一台新发动机机上着火。机组人员在事发时，驾驶该飞机远离了有20000人居住的村落和巨大的地下天然气储存设施，避免了一场严重的环境灾害。截至2005年，俄罗斯有15架图160轰炸机，计划将它们服役到2030年。
2003年8月22日下午，俄国防部长谢·伊万诺夫搭乘两架图160战略轰炸机从萨拉托夫州空军基地飞往远东。在9个半小时的飞行中，图160进行了超音速飞行、超低空高速飞行、反战斗机攻击等一系列项目的演练，尔后降落在符拉迪沃斯托克郊区的克涅维奇机场。自1987年图160装备部队以来，伊万诺夫成为第一位乘坐和协助驾驶这种战略轰炸机的部长级高官。伊万诺夫在机场对记者们说，两架图160战略轰炸机是首次参加远东地区的演习。俄罗斯现在正对图160进行现代化的改造，配备最新武器。经过这次飞行体验，可以满怀信心地说，图160仍然是俄国引以自豪的远程战略轰炸机。
2007年，俄罗斯总统普京签署了正式列装图160战略轰炸机的命令。近18年来，图-160一直处于试用阶段，也就是说，在此期间曾驾驶它的空军飞行员都只是严格意义上的试飞员。2007年12月28日，俄罗斯图波列夫公司的试飞员伊万诺维奇·茹拉夫列夫在戈尔布诺夫喀山航空生产联合体完成了新型批生产的图160飞机的首飞，这是俄罗斯航空工业获得的巨大成就。
2015年11月，俄罗斯空天出动5架图160、 6架图－95MS、12架图－22M3轰炸机对叙利亚境内恐怖组织发动攻击，共投掷144枚炸弹、34枚巡航导弹，这是图160首次实战使用。
