1、概念的不同
甲类的药物是指全国基本统一的、能保证临床治疗基本需要的药物。这类药物的费用纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险的给付标准支付费用。
乙类的药物是指基本医疗保险基金有部分能力支付费用的药物，这类药物先由职工支付一定比例的费用后，再纳入基本医疗保险基金给付范围，并按基本医疗保险给付标准支付费用。
2、报销范围不同
甲类药指100％属于医保支付范围的药品，乙类药指要先自付一定百分比，剩余部分属于医保支付范围的药品。
3、包装和安全性不同
甲类的otc标识为红色标记，乙类的otc标识为绿色标识。这两类的主要划分标准是基于安全性。总体上能归结为otc均为安全性经过验证良好的制剂。相对来说乙类的安全性更好，而甲类的安全性需要进一步验证。
甲类药品otc甲类与乙类之间是可以互相转化的。甲类如果经过一段时间的使用，证明安全性高，是可以重新批准为乙类的。过去批准的乙类品种如果发现安全性不能确保，也可以改成甲类的。当然otc目录是定期要进行调整的。
4、价格不同
甲类药品是临床治疗必需的，使用广泛、疗效好，同类药品中价格较低的药品；由国家统一制定，各地不得调整，使用“甲类药品”所发生的费用，按基本医疗保险的规定支付。
乙类药品是可供临床治疗选择使用，疗效好，同类药品中比“甲类”药品价格略高；乙类药品由国家制定，各省、市、区根据当地经济水平、医疗需求和用药习惯适当进行调整，但不能超过国家制定乙类药品总数的15％ ，与医保无关的费用即所谓的丙类费用全部由现金支付。
参考资料：
