补充回答：
1、教育厅的批文确实没有多大用：如果说是正式合法的批文，应是土地管理部门或是政府的。
2、其实，也确实如楼上朋友所言，如果没有人追究，什么事也没有，这种事也确实不在少数，只是一个法律从业人员不能这样说，如果上下关系都能搞好，也许不会有什么事。
1、“现在同意开发批示下来了”：什么单位批的？
2、“请问这样合法吗”：我认为不合法，但不知道你所说的“同意开发”是什么单位“同意”的。理由是：
一般情况下，学校的财产属于公益财产，属于划拨土地（民办学校除外），不能用于非公益事业的商铺开发，你们联合将学校的土地开发成商铺，而且收益40年后，也只是将【使用权】归还给学校：其实是在变相将学校学校的划拨土地转让给你们，如果真的有人追究起来，应是违法合同，属于无效。
3、“如果不合法如何可以联合医院合法开发呢？”：学校土地出让、由划拨土地转为商业用地的，应当经过《土地管理法》规定的征地手续、由相应机关批准征地、并补交土地出让金后才能合法开发，但这批准能下来，很难。
4、如果正常的批准手续办不下来，可以签定使用权合同，但也有一定风险。
