宋朝的中央机构在神宗元丰前后有很大的不同。元丰以前，虽仍有三省六部，但形同虚设。以“同中书门下平章事”为真宰相之任，参知政事为副相，总揆行政；又设枢密院掌军事，转运使司、铁盐使司、度支使司等三司掌财政，这样形成行政、军事、财政三权分立的局面，宰相的权力大大削弱。六部的权力也被不断增设的机构所侵夺。如吏部，权归审官东院、流内铨、审官西院、三班院；户部，权归三司；礼部，权归礼仪院；兵部，权归枢密院；刑部，权归审刑院，纠察在京刑狱司；工部，权归三司修造案等。九寺五监中部分寺、监权力的转移也有类似的情形。神宗元丰五年(1082)，实行中央官制改革，罢去三司及一切丛杂机构，基本恢复到唐代三省六部的格局。与唐代不同的是以尚书左仆射兼门下侍郎行侍中之事、尚书右仆射兼中书侍郎行中书令之职，为宰相之任（后改称左右丞相）；此外，枢密院职任得以保留。元朝中央行政制度变唐、宋的三省制为一省制——中书省，以中书省为最高政务机关，六部为其所属。
