自然人出租商铺，需要缴纳以下三种基本税费：
1、房产税。根据《中华人民共和国房产税暂行条例》（以下简称《条例》）第二条规定：房产税由产权所有人缴纳。
根据《条例》第四条规定：房产税的税率，依照房产余值计算缴纳的，税率为1.2%；依照房产租金收入计算缴纳的，税率为12%；根据《条例》第七条规定：房产税按年征收，分期缴纳。
2、个人所得税。根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）第二条规定：财产租赁所得，应缴纳个人所得税。
具体计算方法应依照《个人所得税法》第三条和第六条的具体规定：财产租赁所得每次收入不超过4000元的，减除费用800元；4000元以上的，减除20%的费用，其余额为应纳税所得额。税率为20%。
3、增值税。 2016年财政部和国家税务总局联合下发了《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（以下简称《通知》）。
根据《通知》附件1《营业税改征增值税试点实施办法》 和附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》的内容规定：不动产租赁服务的税率为11%；一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。
注：房屋租赁税是指根据中国财政部、国家税务总局财税200824号《关于廉租住房经济适用住房和住房租赁有关税收政策的通知》规定，对个人出租住房，不区分用途，在3%税率的基础上减半征收营业税，按4%的税率征收房产税。
扩展资料：
房屋租赁税所含税项的税率：
城市维护建设税税率为实际缴纳的营业税额的7%，但这个有地区之分，纳税人所在地是市区的，税率为7%；纳税人所在地在县城、建制镇的，税率为5%；纳税人所在地不在市区、县城或镇的，税率为1%；教育费附加则为实际缴纳的营业税额的3%。
房产税则为租金收入总额的12%；印花税是租赁合同总金额的0.1%，但不足1元按1元贴花；城镇土地使用税按出租房屋占地面积乘以地段适用单位税额来计算，地方教育附加按实际缴纳营业税税额的2%来收。
个人所得税的应纳税额就是应纳税所得额的10%。但应纳税额则分两种情况，主要分割点在每次/月收入是否超过4000元。每次/月收入额不超过4000元（含4000元）的，应纳税所得额是每次/月收入额扣除住房出租过程中缴纳的税费。
向出租方支付的租金、由纳税人负担的出租住房实际开支的修缮费用、准予扣除的捐赠额，再减去800元。若每次/月收入额在4000元以上的，则应纳税所得额中减去的800就换成减去收入的20%。
参考资料：百度百科-房屋租赁税
