1. 会引起中毒：百合含有草酸，长期摄入过多会引起草酸中毒。
2. 可能引起胃肠道不适：百合中含有营养素较多，但其中的异硫氰酸盐和黏液质等物质会对胃肠道产生刺激。
3. 对糖尿病患者有副作用：百合中含有大量碳水化合物和淀粉质，易使血糖升高，对糖尿病患者不利。
4. 温度不当容易引起腹泻：百合性凉，摄入后需用沸水或烹煮，过程不当就容易引起腹泻。
5. 上火：百合富含粘蛋白质，容易引起上火，用于痰浊、热毒、火症患者时应慎用。
6. 不易消化：百合中含有黏液质较多，容易在肠道内凝结形成团块，不利于消化吸收。
7. 孕妇应慎食：百合具有一定的清热利水功效，但有些品种中的生物碱成分对胚胎有一定的影响，故孕妇应慎食。
8. 饭后不宜立即摄入：百合中含有一种叫“半纤维素”的物质，易被水分吸收膨胀，在胃肠道内容易形成土块，引起不适。餐后应等待一段时间再摄入较为安全。
