如果作废的发票丢失了，应该及时采取以下措施进行处理：
1. 登记备案：将发票的基本信息及丢失情况登记备案，让财务部门掌握情况。
2. 报备税务局：将丢失的发票情况及原因报备税务局，以便尽快处理相关税务问题。
3. 补开发票：在确保没有人恶意使用丢失的发票情况下，可以向税务局申请补开发票，并将新发票进行编号标注，与原来的作废发票相对应。
4. 加强管理：加强公司内部管理，规范发票使用流程，减少遗失发票的概率。
5. 制定处理流程：制定相应的处理流程，明确发票丢失后应该由谁负责，如何处理等相关事宜，以便出现问题时能够有章可循，果断处理。
