1. 营养成分不够全面
三段奶粉的配方相较于一段和二段奶粉普遍要复杂，但其中一些重要成分却并不齐备，尤其是DHA、ARA等关键营养素的含量较为有限。它们都是对婴儿发育至关重要的物质，如果缺乏将会对宝宝的身体发育产生不良影响。
2. 所含激素成分高
在许多三段奶粉中都加入了很多激素成分，比如维生素D等。尽管这些成分对宝宝的成长有帮助，但如果长时间摄入过多，也可能会引起内分泌失调，导致多种疾病的发生。
3. 对宝宝肠胃伤害较大
因为三段奶粉中添加了更多的营养成分，而宝宝的肠胃系统还没有完全成熟，摄食量过大的话就容易造成营养过剩、消化不良等问题，并最终导致肠胃不适、腹泻等症状。
4. 不利于宝宝自然吸收
三段奶粉中含有较多的添加剂，可能会对宝宝的胃肠道、肝脏等造成慢性负担。并且婴儿本来就需要通过自然吸收方式来获取营养，而大量吃三段奶粉可能会阻碍这一过程，导致宝宝无法充分地从自然食物中获取需要的营养成分。
5. 不符合宝宝的实际需求
体重、年龄、性别、健康状况等因素都会影响宝宝对不同营养成分的需要量和比例，而三段奶粉是为了满足广大消费者的需求而进行平均化配方设计的，并不能真正的个性化定制。当宝宝在长期进食三段奶粉后，如果缺乏一些特殊的营养成分或者某种营养成分过度摄取，都可能会给宝宝的今后生长造成一定影响。
