部队公寓和公有住房在以下几个方面存在差异：
1. 管理方式不同：部队公寓由军队管理，住户必须符合军方的入住条件并接受相关管理制度；而公有住房则由政府或相关房屋管理部门负责管理。
2. 入住条件不同：部队公寓的入住条件通常要求低于公有住房，往往需要具备特定身份、职业或背景。公有住房则对入住条件更为灵活，通常只需要符合一定的经济条件即可。
3. 取得方式不同：部队公寓通常是由军队按照军人及其家属的实际情况统一安排，而公有住房则需经过户籍落在当地的工作单位或者通过市场方式竞争获得。
4. 设施及服务不同：部队公寓通常会提供相应的保障和服务，例如后勤服务、医疗服务、安全防护等，而公有住房中的配套设施和服务则相对较少。
5. 退房规定不同: 部队公寓的租赁期限比较灵活，可以根据军队的需要进行调整，而公有住房则通常有固定的租期和退房规定，如果租期到了或者需要退房时需遵守相关政策规定。
