1. 严格保护区：这种自然保护区主要旨在保护野生动植物及其栖息地，保护区内的活动严格受限，甚至可能禁止人类进入。严格保护区可以分为两类，即科学研究区和自然遗产区。前者通常仅限于科学研究，后者则强调对该区域生态文化价值的保护。
2. 生态功能区：这种自然保护区侧重于保护生态系统及其提供的服务。这些服务包括为人类提供清洁的饮用水、稳定的气候、食品等，同时还支撑着其他生命形式的存在。这类保护区通常被指定为水源涵养区、防风林带等。
3. 可持续利用区：这种自然保护区强调人与自然之间的可持续共存。这些保护区允许一定程度的人类活动，但同时也要求这些活动不会对生态环境造成不可逆转的影响。例如，通过合理规划农业、畜牧业等农村经济活动，在保护区内实现农村可持续发展。
