1. 可能导致耐药性的产生：治疗过程中长时间使用万古霉素，会让体内细菌逐渐产生变异适应，从而形成耐药性，此时再继续使用万古霉素就无法达到治疗目标。
2. 对身体有害：医学研究表明，过度使用抗生素会对肝、肾和胃部等人体器官造成损伤。如果大剂量地随便使用万古霉素，会加重这种损害，并在人体内留下毒素沉积，对人体产生长久的危害。
3. 无必要的使用可能引发过敏反应：某些患者因为对万古霉素敏感或存在过敏性体质，长期服用将会带来不良效果，诱导药物过敏反应，严重的甚至会形成过敏性休克等危险症状。
4. 对环境有危害：由于药物分泌到污水后会对环境产生破坏作用。如果不当使用和处理万古霉素及其他药物，将直接污染环境，会对自然系统、蓝天白云、清澈的河流和无污染的土壤等带来严重危害。
5. 功能与效果不理想：万古霉素虽然在一定范围内可以抑制、杀死细菌，但并不能对所有的细菌都产生作用，并且对耳鼻喉科的病患者治疗效果并不比其他的药物要明显。如果没有确诊病情并随意滥用，将会导致病情加重或误诊。
