1. 音变方面：汉字“龟”在唐代音韵学中的读音为/kwiu/，音变后变为/qiu/。这种音变现象在汉字中很常见，例如“夔”(kui) 变为”虬“(qiu)，”规“(gui) 变为”瑰"(gui)。
2. 历史文化方面：龟兹是汉朝西域丝绸之路上的一个重要城市，被认为是早期佛教传入中国的重要场所。在唐代，龟兹以其美好的丝绸和珍贵的佛教文物而闻名于世。当时的流行语言是粟特语，而非汉语。在粟特语中，“qi(u)”有“郡、国”之意，它和当时类似部分的粟特词语释义中有“国都”和“居民”的意思，与龟兹作为重要的城市地位相符合。因此，可能从当时开始就习惯了用“qiu”来称呼其城市名称。
3. 书写方面：在汉字的演变过程中，很多字形会改变，一些字的部首也可能发生变化。在龟兹这个地名中，随着时间的推移，字形渐渐演变，被修改成为“龜茲”的更为常见形式。在这个演变过程中，字形“龟”被改成了“龜”，并且大部分的文献中都只使用了“qiu”而不是“gui”。
4. 传承方面：由于汉文化对佛教的影响，龟兹的名称可能已经传入了中国的佛教经典之中，并通过该途径融入中国汉字之中。因此在佛教经典和文献中，用“qiu”来称呼龟兹也属于一种传承的方式。
5. 语言习惯方面：习惯和使用习惯也是决定一个词语如何发音和拼写的重要因素。长期以来，在地理学、历史学、考古学等领域中，龟兹的名称一直以”qiu“为主流的发音方式，并形成了相应的习惯。因此，即使现在龟兹的标准拼写方式是”gui“，但很多人还是习惯用”qiu“来称呼和表达它。
综上所述，龟兹为什么不读gui而是读qiu，与音变、历史文化、书写、传承和语言习惯等因素相关，习惯并形成惯用的说法。
