-《红色警戒1》
·盟军结局
经过一系列的战斗，包括使用爱因斯坦研制出的超时空传送仪等尖端科技，盟军最后攻克莫斯科，炸平了克里姆林宫。一群盟军士兵在瓦砾中找到了奄奄一息的斯大林，在凯恩装扮的盟军高级军官欺瞒下受令离开，稍后斯大林被凯恩当场灭口杀死，使得没有人知道凯恩的来历和去向，接续的剧情是《红色警戒2》。
·苏联结局
斯大林统一了全欧洲，但在最后，凯恩谋杀了斯大林与其秘书，凯恩随后失踪，将全世界拖入绵延无禁的冷战时期。(之后C&C正传)
-《红色警戒2》
斯大林死后，美国扶植罗曼诺夫(俄国沙皇的后代)为傀儡苏联总理。但是罗曼诺夫趁墨西哥民众引发暴动时，攻击美国。而且使用心灵控制，控制了美国各大城市的居民，并且令他们为苏联而战。
·盟军结局
靠着爱因斯坦的时空传送仪，盟军击破莫斯科，而罗曼诺夫被送往伦敦审判。接续的是《红色警戒2：尤里的复仇》。
·苏联结局
尤里为夺权，谋杀了罗曼诺夫和维拉迪摩将军，后来被苏军情报员截获罗曼诺夫生前的录映带，后期故事围绕着“为总理报仇”的主旋律，后来，玩家控制的指挥官成功统一全世界，不过，在其续作《尤里的复仇》中，紧接的是盟军结局的情节。
-《尤里的复仇》
苏联战败后，尤里（Yuri）意欲通过使用苏联战败后残存的心灵科技，来统治全世界。里面也有苏联以及盟军亦敌亦友的关系。
·盟军结局
盟军在南极俘虏尤里，将他关进爱因斯坦设计的心灵枷锁。
·苏联结局
苏联攻入了罗马尼亚尤里的总基地，尤里战败后欲利用“时间机器”回到过去卷土重来。但被苏军进行干扰，使之回到了恐龙时代，并成为了恐龙的腹中之物。美国被苏联占领，苏联开始全力发展太空技术。
面临灭顶之灾的苏联想穿越时空改变历史。但出了点小问题，创造出了一条完全不同的时间线，一个新势力崛起并加入了第3次世界大战。
（在红色警戒的历史上，没有出现由纳粹发起的二战，取而代之的是第一次红色大战（参见红色警戒1剧情）与第二次红色大战（红色警戒2）。因此，此处的第3次世界大战应该指代平行时空中的第二次红色大战。平行时空这个概念，是科学家们为解释时空旅行中出现的种种悖论而提出的。该观点是说我们的宇宙有无数多个，当你通过时空旅行回到过去，那你就生活在了另外的宇宙当中，即与原来不相干扰的宇宙。据如此分析可得知，这个第二次红色大战就是发生在另外宇宙中的故事。关于平行时空的具体阐述请参考《命令与征服百科全书》）
游戏任务包含三个阵营三条主线，有三个不同结局：
苏联
苏联任务从抵御日本入侵，到进攻欧洲，反击日本，最终战胜日本和美国为止。其中包括除掉（被诬陷）背叛的库可夫将军以及与总理反目的剧情，最终玩家扮演的将军成为万人景仰的新总理。
盟军
盟军起初拼死抵抗进攻的苏军，然后联合苏联对付日本。其间杀死反共的总统阿克曼，又与苏联搞僵，终于打败另外两方。最后新总统上任，规划了建立自由平等的新世界的宏伟蓝图。
日本（旭日帝国，台译“升阳”）
日本起初攻打苏联，再到抵御美军（后来对抗美苏联军），最后反击苏联和欧洲获取胜利。其中天皇之子达郎的超级机器人“将军刽子手”以及向美国总统体内植入纳米机器人的情节，科幻色彩十足。
