港澳通行证丢失，是需要挂失的，需要公民带上有效的身份证到相关的派出所办理挂失手续以后，再带上本人有效的身份证原件，港澳通行证照片等资料申请补办，异地补办港澳通行证还需要提供当地有效的居住证原件进行办理。
补发通行证 ：
（一）通行证持遗失通行证按本规范规定重新申请办理通行证及签注；附短期居住签注通行证持香港或者澳门区遗失通行证需补发通行证及办理同类签注通香港、澳门旅行社向深圳、珠海签证办提交申请
（二）申请除按本规范提交规定证明材料外需提交遗失声明；香港或者澳门申请补发通行证需提交香港入境事务处或者澳门治安警察局具身份确认证明
（三）受理补发通行证申请公安机关入境管理部门应核实遗失通行证发证记录通行证持入境记录并遗失证件关资料通报原发证部门由原发证部门宣布作废
（四）通行证持香港或者澳门区遗失通行证向深圳或者珠海签证办申请办理性入境通行证返内
工作期限:
（一）申请办理通行证签注应自受理申请起15工作内完审批证件、签注制作
（二）已持效通行证再申请签注应自受理申请起10工作内完审批签注制作
（三）属于赴澳门事劳务申请应自受理申请起10工作内完审批证件、签注制作
（四）属于特殊情况急需香港或者澳门按照急事急办工作原则优先审批办理
（五）公安机关入境管理部门非本住户口员进行核查核查所需间计算工作期限内
